Comparison of the Turnaround Times of COVID-19 Real Time PCR Data on the PCR Instrument and the Catena Smart PCR Bioinformatics Program

Authors : Ayşe Rüveyda UĞUR, Habibe ÖVET

Pages : 108-116

Doi:10.47495/okufbed.1037719

View : 18 | Download : 17

Publication Date : 2022-02-23

Article Type : Research Paper

Abstract :İlk kez Aralık 2019’da, Çin’in Wuhan eyaletinde ortaya çıkan ve SARS-CoV-2 kaynaklı COVID-19 enfeksiyonu, tüm dünyada yııkıcı etkisini hala devam ettiren bir pandemiye neden olmuştur. COVID-19 tanısında kullanılan standart tanı yöntemi polimeraz zincir reaksiyonu yöntemidir. CAtenA Smart PCR, yapay zeka kullanarak veri analizi yapan ve kullanıcıya sonuç önerisinde bulunan bir bioinformatik programdır. Bu çalışmanın amacı uzman hekimin, cihaz başında PCR test verilerini değerlendirerek sisteme aktarma süresi ile, CAtenA Smart PCR üzerinden değerlendirmesi arasındaki süre farkının kıyaslanmasıdır. Meram Devlet Hastanesi COVID-19 PCR Tanı Laboratuvarı’nda 1 Eylül-30 Kasım 2021 tarihleri arasında çalışılmış ve her biri 94 farklı örnek ve iki iç kalite kontrolden oluşan 139 PCR çalışma verisi uzman hekimler tarafından PCR cihazından insert ignore into journalissuearticles values(Bio-Rad CFX96 Touch, Singapore); ve CAtenA programı insert ignore into journalissuearticles values(Ventura, Ankara, Turkey); üzerinden analiz edilmiş ve analiz süreleri kayıt altına alınmıştır. Analiz süreleri, Wilcoxon signed ranks test ile araştırılmıştır. PCR cihazı üzerinden yapılan 139 teste ait ortalama analiz süresi 14,05 ± 7,55 dak. iken, CAtenA programı üzerinden yapılan ortalama analiz süresi 8,04 ± 3,93 dak. olarak bulunmuştur. PCR cihazı ve CAtenA programı üzerinden yapılan analiz süreleri arasında istatistiksel olarak fark belirlenmiştir insert ignore into journalissuearticles values(p = 0,0001);. Sonuç olarak, PCR verilerini ön analizden geçirerek uzman onayına sunan ve sonuçları web tabanlı sonuç sistemine doğrudan aktarabilen CAtenA Smart PCR bioinformatik programının, veri analiz süresini kısalttığı ve kullanıcıya kolaylık sağladığı belirlenmiştir.
Keywords : CAtenA Smart PCR, COVID 19, Data analysis, Artificial intelligence, Turnaround time