Moleküler Kenetlenme Simülasyonları ile Yeni Aday BACE-1 İnhibitörü Tasarımı

Authors : Vildan Atalay, Arzu Dalyancı

Pages : 141-151

Doi:10.46740/alku.1533883

View : 44 | Download : 45

Publication Date : 2025-08-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Dünyadaki yaşlı nüfusta görülen artış Alzheimer hastalığının daha yaygın bir hale gelmesine neden olmuştur. Alzheimer hastalığı birden fazla sistemin anormalliği ve bozukluğu ile ilgilidir, patogenezi karmaşık olası sebebi ile önlemek ve tedavi etmek için şu an kullanılan ideal bir ilaç yoktur ve ilaç araştırmaları devam etmektedir. İlgili çalışmada, Alzheimer hastalığı ile ilişkili olan BACE-1 enziminin 2WJO pdb id kodlu kristal yapısı ile lupeol molekülü ve 32 adet yeni tasarlanan Lupeol türevi ile Autodock Vina yazılımı kullanılarak kenetlenme çalışmaları yapılmıştır. Bu bağlamda öncelikle, Lupeol ve türevlerinin konformerleri ve geometrik optimizasyonları Spartan’16 yazılımı ile gerçekleştirilmiştir. Discovery Studio Visualer yazılımında ise görselleştirmeler yapılarak protein ve ligantlar arasındaki etkileşim haritaları çizilmiştir. Kenetlenme çalışmaları sonucunda, Lupeol yapılarından daha yüksek bağlanma enerjilerine sahip L-28, L-23, L-27 ve L-31 olmak üzere dört molekül belirlenmiştir. Yapılan türevlendirme çalışmalarında aktif bölge için daha hidrofilik yapıların tasarımının daha iyi bağlanma enerjisi verdiği tespit edilmiştir. İlgili moleküllerin deneysel olarak incelenmesi önerilmektedir.
Keywords : Alzheimer, Kenetlenme, Lupeol, BACE-1, AutoDock Vina

ORIGINAL ARTICLE URL