Identification of circadian-related gene mutation and expression patterns in skin cancer

Authors : Dilara Fatma AKIN, Didem ÖZKAN

Pages : 140-152

Doi:10.57224/jhpr.1175054

View : 13 | Download : 7

Publication Date : 2022-10-21

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Birçok periferal organın sirkadiyen ritim tarafından modüle edilen endojen ritimleri vardır; deri de bu periferik organlardan biridir. Ritimdeki düzensizlikler hücresel yolları yeniden programlayabilir ve hücre çoğalmasına, apoptoza direnç, metastaz, bağışıklık sistemi hücrelerinin yok edilmesi ve anjiyogenezin artmasına neden olabilir. Bu çalışmanın amacı, SKCM örneklerinde çekirdek sirkadiyen ritim genlerinin mutasyonel ve m-RNA profilini kapsamlı bir şekilde araştırmaktır. Method: Bu çalışmada; SKCM insert ignore into journalissuearticles values(n:462); hastalarının genom dizileri ve gen ekspresyon profilleri TCGA veri tabanından indirildikten sonra hedef genlerin mutasyon sıklığı ve mutasyon paternleri detaylı olarak belirlendi. SKCM için tespit ettiğimiz mutasyonların onkojenik özelliklerini tahmin etmek için PolyPhen-2 ve SNAP biyoinformatik araçları kullanıldı. Eş zamanlı olarak, sirkadiyen ritim genlerindeki mutasyonların fonksiyonel etkilerini değerlendirmek için m-RNA ekspresyon profilleri belirlendi. Son olarak, mutasyona uğramış proteinlerin hücresel süreçlerdeki fonksiyonel ilişkilerini daha iyi anlamak için STRING ağ analizi yapıldı. Bulgular: 10 gende bulunan 173 mutasyondan 152 missense insert ignore into journalissuearticles values(yanlış anlamlı); mutasyon, 13 nonsense insert ignore into journalissuearticles values(anlamsız); mutasyon, 6 splice bölge mutasyonu ve 2 füzyon gen mutasyonu vardı ve bunların 62`si patojenik özelliklere sahipti. BMAL1, CRY2, PER1, PER2 ve PER3`ün m-RNA ekspresyon seviyeleri, SKCM doku örneklerinde downregüle olurken, TIMELESS sağlıklı gruba kıyasla upregüle olduğu görüldü insert ignore into journalissuearticles values(p<0.01);. Prognostik bir belirteç olarak kabul edilen m-RNA ekspresyonunun genel sağkalıma etkisi, azalan ARNTL insert ignore into journalissuearticles values(p=0.00038); seviyesi ve artan TIMELESS insert ignore into journalissuearticles values(p=0.00033); seviyesi için anlamlı bulundu. Sonuç: Bu moleküler bakış açısının belirlenmesi, hedefe yönelik ilaç tedavileri ve kişiselleştirilmiş tıp geliştirmede faydalı olabilir.
Keywords : sirkadiyen, kriptokrom, periyod, cilt kanseri, mutasyon, saat genleri