Using conserved cycles in exact stochastic simulation algorithms

Authors : Derya ALTİNTAN

Pages : 617-625

Doi:10.16984/saufenbilder.22901

View : 19 | Download : 10

Publication Date : 2016-09-02

Article Type : Research Paper

Abstract :Biyokimyasal reaksiyon sistemleri farklı reaksiyonlar  aracılığıyla etkileşime giren birçok farklı  türü içerir. Sistem içerisinde yer alan türlerin sayıları ve miktarları çok yüksek olduğunda, diferansiyel denklemlere dayanan saf modelleme yaklaşımları çok boyutluluktan muzdarip olurlar. Eğer bir sistem korunumlu döngüler içerirse,  bazı türlerin miktarları cebirsel bağlantılar yoluyla elde edilebilir bu da sistemin dinamiklerini  temsil eden diferansiyel denklemlerin boyutunu düşürür. Bu çalışmada, biyokimyasal reaksiyon sistemlerinde yer alan korunumlu döngüleri elde etmek için Gauss-Jordan metodunu kullanan bir nümerik algoritma öneriyoruz. Algoritmayı stokastik modelleme yaklaşımında konum vektörünün tam realizasyonlarını elde eden Direk  Metod insert ignore into journalissuearticles values(DM);, İlk Reaksiyon Metodu insert ignore into journalissuearticles values(FRM); ve Sonraki Reaksiyon Metodu insert ignore into journalissuearticles values(FRM); içerisinde verdik. Bu üç algoritmayı korunum bağıntılarını içerecek/içermecek şekilde farklı boyutlardaki biyokimyasal sistemlere uyguladık ve   her tam lagoritmanın farklı iki versiyonunun hesaplama miktarları kıyasladık.
Keywords : korunum bağıntıları, gauss jordan metodu, direk metod, ilk reaksiyon metodu, sonraki reaksiyon metodu