Bazı Oksim Bileşiklerinin Bağlanma Özelliklerinin Moleküler Kenetlenme Yöntemiyle İncelenmesi

Authors : Ömer AYSAN, Bülent DEDE

Pages : 333-339

Doi:10.19113/sdufenbed.664553

View : 19 | Download : 9

Publication Date : 2020-08-26

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmada, biyolojik aktivite gösterme potansiyeli yüksek olan bazı oksim bileşiklerinin, seçilmiş bazı proteinlerin aktif bölgesine bağlanma özellikleri moleküler kenetlenme insert ignore into journalissuearticles values(Doking); yöntemiyle incelenmiştir. Bu amaçla çalışılan tüm oksim ligand molekülleri, Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi insert ignore into journalissuearticles values(DFT); yöntemiyle B3LYP fonksiyoneli ve 6-311Ginsert ignore into journalissuearticles values(d,p); temel seti kullanılarak Gaussian09 programında optimize edilmiştir. Optimize edilen tüm moleküllerin HOMO, LUMO ve HOMO-LUMO enerji farkları hesaplanmıştır. Çalışılan ligandlar için belirlenen kuantum kimyasal parametreleri ve inhibisyon aktiviteleri arasındaki ilişki de araştırılmıştır. Ligand moleküllerinin seçilen proteinlerle moleküler kenetlenme yöntemiyle bağlantı çalışmaları, ligandların optimize edilmiş geometrileri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Protein veri bankasından, seçilen proteinlerin kristal yapıları *.pdb formatında temin edilmiş ve bu kristal yapıların optimize ligandlarla etkileşimi SwissDock web sunucusu kullanılarak incelenmiştir. Moleküler kenetlenme çalışmaları sonucu, ligand-protein bağlanma enerjileri, ligand-protein arasında oluşabilecek hidrojen bağ bölgeleri ve sayısı tespit edilerek değerlendirilmiştir.
Keywords : Oksim, DFT, Protein, Ligand, Moleküler kenetlenme