Molecular Dynamics and MM-PBSA Studies for Deciphering Molecular Interactions of Valproic Acid with CYP2C9 Mutants F114L and I207T

Authors : Ahmet Can TİMUÇİN

Pages : 64-73

Doi:10.19113/sdufenbed.801973

View : 21 | Download : 10

Publication Date : 2021-04-20

Article Type : Research Paper

Abstract :Valproik asit insert ignore into journalissuearticles values(VPA);, özellikle nöropsikiyatrik bozukluklarda kullanılan bir ilaç olup, kanser gibi diğer tip hastalıklarda da umut vaat etmektedir. Sitokrom P450 insert ignore into journalissuearticles values(CYP); yolağı tarafından gerçekleştirilen VPA metabolizması toplam ilaç dozunun sadece %10 kadarıdır. Ancak, karaciğer ve pankreasta şiddetli yan etki reaksiyonları gösterme riski yüksek olduğu için, VPA`nın CYP2C9 ile ve özellikle CYP2C9 mutantları ile nasıl etkileştiği açıklanmayı beklemektedir. Bu nedenle, biz burada moleküler dinamik çalışmaları ve devamında yapılan MM-PBSA insert ignore into journalissuearticles values(Moleküler Mekanik Poisson-Boltzmann Yüzey Alanı); metodu tabanlı bağıl bağlanma enerjisi tahmini ile CYP2C9 mutantları F114L ve I207T`nin VPA ile bağlanma modunun doğal fenotipli insert ignore into journalissuearticles values(WT); CYP2C9`a göre nasıl değiştiğini anlamayı amaçladık. Sonuçlar, F114L ve I207T mutantlarının toplam bağıl bağlanma enerjilerinin doğal fenotipe göre önemli miktarda düştüğünü göstermiş olup, ayrıca mutantların VPA etkileşimi için kullandıkları amino asitlerde de, doğal fenotipe göre net bir değişim olduğunu ortaya koymuştur. Tümde, literatürde bir ilk olarak, VPA ile etkileşen amino asitlerdeki bu özgün değişim raporlanmıştır. Verilerin kısıtlamaları ve gelecek perspektifi de ayrıca tartışılmıştır.
Keywords : CYP2C9, MD Simulasyonları, MM PBSA, Valproik Asit