Molecular Docking Analysis of Used Drugs for the Treatment of Cancer

Authors : A Demet DEMİRAG, Sefa ÇELİK, Sevim AKYÜZ, Ayşe ÖZEL

Pages : 539-547

Doi:10.19113/sdufenbed.871423

View : 18 | Download : 11

Publication Date : 2021-12-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmada, kenetlenme simülasyonları için başlangıç verileri olarak kullanılmak üzere, kanser tedavisinde yaygın olarak kullanılan altı ilacın konformasyonel analizi ile en düşük enerjili moleküler yapıları belirlenmiştir. AutoDock Vina programı kullanılarak FDA onaylı 6 ilacın insert ignore into journalissuearticles values(Pemetrekset, Irinotekan, Tamoksifen, Gemsitabin, Topotekan ve Temozolomid); DNA ile etkileşim mekanizmaları araştırılmıştır. Ek olarak, araştırılan ilaç-DNA yapıları için MM/PBinsert ignore into journalissuearticles values(GB);SA hesaplamaları yapılmıştır. Etkileşimlere ait hesaplanan bağlanma afiniteleri ve bağlanma serbest enerjileri yapıların kararlılığını göstermiştir. Bu moleküllerin DNA ile etkileştiği aktif bölgenin aynı olduğu ve başta hidrojen bağı olmak üzere yapmış oldukları çeşitli etkileşimlerin yapıların bu kararlılığında önemli bir rol oynadığı bulunmuştur. Ayrıca, incelenen moleküllerin farmokofor özellikleri belirlenmiştir. Bu çalışmanın amacı, başlıktaki ilaçların DNA ile bağlanma özelliklerini derinlemesine araştırmaktır.
Keywords : Kanser, İlaçlar, Moleküler modelleme, Konformasyon analizi, Moleküler kenetlenme