Endoplazmik Retikulum Protein Kalite Kontrol Mekanizması Üyelerinde Varsayılan Androjen Cevap Elementlerinin Profillemesi

Authors : Yalçın ERZURUMLU

Pages : 86-94

Doi:10.22312/sdusbed.811994

View : 20 | Download : 8

Publication Date : 2021-04-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Çalışmamızda endoplazmik retikulum protein-kalite kontrol mekanizması ile ilişkili genlerin promotor dizilerindeki varsayılan androjen cevap elementi bölgelerinin biyoinformatik araçlardan faydalanılarak in silico olarak analiz edilmesi amaçlanmıştır. Bu yol ile ER’deki protein-kalite kontrol mekanizmasının androjenler ile gerçekleşebilecek olası regülasyonunun tanımlanması ve prostat kanserindeki rolünün anlaşılması hedeflenmiştir. Materyal ve Metot: Endoplazmik Retikulum protein-kalite kontrol mekanizmasına ile ilişkili 29 hedef genin promotor dizileri University of California, Santa Cruz ve Eukaryotic Promotor Database veri tabanları kullanılarak belirlenmiştir. Tanımlanan bu diziler matinspector biyoinformatik aracına aktarılarak selektif transkripsiyon faktörü olarak çalışan androjen reseptörü ile DNA’nın etkileşimine aracılık ederek seçici transkripsiyon sürecine olanak sağlayan varsayılan androjen cevap elementi motifleri analiz adildi. İn silico analizler V$GREF benzeşim matrixi kullanılarak sürdürüldü. Bulgular: İn silico analiz sonuçlarımız Endoplazmik Retikulum protein kalite kontrol mekanizması ile ilişkili olarak incelediğimiz 29 adet genin promotor ve promotor bölge yakınında varsayılan androjen cevap elementi bölgelerinin bulunduğunu göstermiştir. Sonuç: Sonuçlarımız Endoplazmik Retikulum protein-kalite kontrol mekanizmasında yer alan proteinlerin androjen sinyal mekanizması aracılığıyla selektif olarak düzenlenebileceğini önermektedir. Olası bu regülasyon prostat kanseri gibi androjen sinyal iletiminin son derece kritik öneme sahip olduğu patolojilere ilişkin süreçlerin anlaşılabilmesine yol gösterici olacaktır. Her ne kadar biyoinformatik analizlerde varsayılan androjen cevap elementi bölgeleri tanımlanmış olsa da bu bölgelerin fonksiyonelliğine ilişkin ileri analizlerin gerçekleştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır.
Keywords : Endoplazmik Retikulum, Protein kalite kontrol mekanizması, Androjen Cevap Elementi, Prostat Kanseri, İn silico analiz