Protein Komplekslerini Gruplayarak İnsanda Protein-Protein Etkileşim Ağlarının Karmaşıklığını Düşürmek

Authors : Muhammed Erkan KARABEKMEZ

Pages : 231-236

View : 19 | Download : 15

Publication Date : 2019-10-24

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Binlerce insan proteini biraraya gelerek binlerce farklı işlevsel protein kompleksleri oluşturur. Bu dördüncül protein yapılarının konformasyonel değişimleri, protein izoformları ve translasyon sonrası modifikasyonlar bu resmi daha da karmaşık hale getirir. Özellikle ağ biyolojisinin sağlık bilimlerindeki uygulamalarında, çoğu zaman bütün protein-protein etkileşim haritasını bir kerede ele almak imkansızdır. Bu nedenle hesaplama verimliliğini artıran çeşitli ağ küçültme yaklaşımları kullanılır. Bu noktada protein kompleksleri veri azaltma rehberi olarak çok faydalı olabilir. Bu çalışmada bir düğüm birleştirme prosedürü önererek, protein komplekslerine dayalı bir ağ küçültme stratejisi kullandık. Gereç ve Yöntemler: Protein kompleksi etkileşimlerini çıkarmak için memeli protein komplekslerinin kapsamlı kaynağı kullanıldı. İnsan protein-protein etkileşim haritası Agile protein interactomes data-server’dan alındı. Daha küçük bir ağ oluşturmak için özgün bir gruplama yaklaşımı kullanıldı. Elde edilen bağlama özel ağın ilingesel analizi ve yüksek merkeziliğe sahip düğümlerin incelenmesi, orijinal ağ ile karşılaştırılmalı olarak yapıldı. Bulgular: Gruplama prosedüründen sonra aralarında 41.940 etkileşimi olan 9.988 protein ve 304 protein grubu içeren heterojen bir etkileşim haritası elde edilmiştir. Toplam düğüm sayısı ve etkileşim sayısı sırasıyla% 9,7 ve % 16 azalmıştır. Ortaya çıkan ağ, ölçeksiz topolojiyi korumuştur. Sonuç: Sonuçlar, yaklaşımın biyolojik olarak anlamlı yapısını bozmadan biyolojik ağı küçültmede işlevsel olduğunu göstermiştir.
Keywords : Hesapsal Biyoloji, Protein Etkileşim Haritası, Dördüncül Protein Kompleksleri