ISSR-based molecular variation of some fennel (Foeniculum vulgare Mill.) populations

Authors : Refika GİACHİNO, Betül AVCI

Pages : 140-146

Doi:10.7161/omuanajas.678277

View : 16 | Download : 13

Publication Date : 2020-02-14

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu araştırma, farklı rezene popülasyonları arasındaki moleküler varyasyonunu belirlemek amacıyla yürütülmüştür. Araştırmada materyal olarak farklı kaynaklardan sağlanan ve ikisi doğal floradan toplanmış olan 6 adet rezene popülasyonu kullanılmıştır. Popülasyonların moleküler karakterizasyonu 6 adet ISSR primeri ile belirlenmiştir. Toplam 57 bant elde edilmiş, bunlardan 48 adedi polimorfik olarak değerlendirilmiştir. Ortalama polimorfizm oranı %85 olarak bulunmuştur. PIC değerleri 0.33 (ISSR-16) ile 0.43 (ISSR-11) arasında değişim göstermiş, ortalama ise 0.37 olarak hesaplanmıştır. Primerlerin ortalama RP değeri 4.17 olarak hesaplanmış, en yüksek değer ISSR-4 (6.33) primerinden elde edilmiştir. Ortalama EMR değeri 6.78 bulunurken en yüksek değer ISSR-4 (10.29) primerinden elde edilmiştir. Ortalama MI değeri 2.47 olarak tahmin edildi, en yüksek değer yine ISSR-4 (3.67) primerinde gözlenmiştir. ISSR-4 primeri bu üç parametre ve en yüksek toplam ve polimorfik bant sayısı bakımından öne çıkan primer olmuştur. Rezene popülasyonları arasındaki benzerlik değerleri 0.30 ile 0.95 arasında bulunmuştur. Jaccard'ın benzerlik matrisleri ile küme sonucu arasındaki zihinsel test r = 0.99 (Kofenetik korelasyon katsayısı) olarak bulunmuştur ve ISSR tabanlı benzerlik matrisi ile küme arasında çok iyi bir korelasyon olduğunu göstermektedir. İncelenen ISSR primerleri bakımından ekimi ve satışı yapılan Burdur, Denizli, Isparta ve Izmir populasyonları birbirlerine genetik bakımdan oldukça benzer bulunurken doğal floradan toplanan Manisa Yuntdağı ve Ödemis popülasyonları ayrı gruplarda yer almışlardır.
Keywords : Rezene, ISSR, genetik farklılık, PIC, PCoA