Occurrence and Characterization of Coat Protein Gene of Zucchini yellow mosaic potyvirus (ZYMV) Isolate Infecting Pumpkin (Cucurbita pepo L.) in Bingol Province (Turkey)

Authors : Abdullah GÜLLER, Mustafa USTA

Pages : 798-807

Doi:10.30910/turkjans.633604

View : 18 | Download : 27

Publication Date : 2019-10-16

Article Type : Research Paper

Abstract :Kabak sarı mozaik potivirüsü insert ignore into journalissuearticles values(ZYMV);, Potyviridae ailesine ait bir virüs olup dünya çapında birçok kabakgil bitkide ciddi ekonomik kayıplara neden olmaktadır. 2018 yılı Eylül ayında, Bingöl iline bağlı kabak yetiştiriciliği yapılan alanlarda kabarıklık ve buruşukluk gibi tipik viral hastalık belirtisi gösteren bitkiler ile sağlıklı bitkilerden örnekler alınarak ZYMV enfeksiyonu bakımından Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zircir Reaksiyonu insert ignore into journalissuearticles values(RT-PCR); ile testlenmiştir. RT-PCR testi pozitif reaksiyon vererek ZYMV’nin kılıf proteinine karşılık gelen yaklaşık 840 bp DNA fragmenti oluşturmuştur. Ayrıca, çoğaltılan ZYMV`nin tam kılıf protein insert ignore into journalissuearticles values(coat protein, CP); geni, prokaryotik klonlama vektörü olan pGEM-T Easy vektörüne klonlanmış ve genin tam nükleotid ve amino asit dizisi tespit edilmiştir. Elde edilen ZYMV-CP gen dizisinin 279 amino asiti kodladığı insert ignore into journalissuearticles values(yaklaşık 31.2 kDa);  ve 837 nükleotidi içerdiği ortaya çıkarılmış ve bu dizi ZYMV-Bingöl izolatı olarak isimlendirilerek MK689858 erişim numarası ile gen bankasına insert ignore into journalissuearticles values(NCBI); kaydedilmiştir. ZYMV-Bingol CP geninin dizisi, farklı coğrafi bölgelerden elde edilen 21 izolat ile analiz edilerek filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Nükleotid düzeyindeki moleküler analizlere göre ZYMV CP gen dizisisi, en yüksek % 100 oranında Türkiye izolatı insert ignore into journalissuearticles values(JF317296); ile ve en düşük % 91.64 oranında Kore izolatı insert ignore into journalissuearticles values(AF062518); ile benzerlik göstermiştir. Ayrıca, filogenetik analizler, ZYMV Bingöl izolatının Türkiye-Adana izolatı insert ignore into journalissuearticles values(JF317296); ve Pakistan izolatı insert ignore into journalissuearticles values(AB127936); ile gruplandığını belirlenmiştir. Bingöl ilinde kabak bitkisini enfekte eden ZYMV’nin bulunuşu ilk kez bu çalışmayla rapor edilmiştir.
Keywords : ZYMV Zucchini yellow mosaic potyvirus, RT PCR, klonlama