Phylogenetic Relationship of Alfalfa Mosaic Virus (AMV) Isolate Identified in Bingöl Province of Turkey

Authors : Abdullah GÜLLER, Mustafa USTA, Gülüstan KORKMAZ

Pages : 166-172

Doi:10.30910/turkjans.947617

View : 21 | Download : 7

Publication Date : 2022-01-22

Article Type : Research Paper

Abstract :Yonca mozaik virüsü insert ignore into journalissuearticles values(AMV);, yem bitkileri arasında yonca bitkisinin en önemli viral hastalıklarından biridir ve yıllık olarak önemli ekonomik kayıplara neden olur. Etmen ayrıca domates, patates ve biber gibi diğer kültür bitkilri için de potansiyel bir öneme sahiptir. AMV`nin tanımlanması ve filogenetik ilişkileri, ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu insert ignore into journalissuearticles values(RT-PCR); ve ardından bakteriyel klonlama ile gerçekleştirildi. 12 yonca örneğinin cDNA`sı AMV`nin kapsid protein genine insert ignore into journalissuearticles values(CP); özgü primer çiftleri kullanılarak RT-PCR testlerine tabi tutuldu ve beklendiği gibi yaklaşık 700 bp`lik bir DNA fragmenti elde edildi. Amplikonlar doğrudan klonlandı ve daha sonra ortaya çıkan diziler genbankasına kaydedildi insert ignore into journalissuearticles values(Ulaşım No: MW962977 ve MW962976);. Her iki sekansın BLASTn analizi, yoncadan elde edilen AMV virüsü izolatlarının, dünyadaki çeşitli bitkilerden izole edilen diğer AMV izolatlarına oldukça benzer olduğunu ve nükleotit benzerliğinin %97 ile %99.37 arasında değiştiğini gösterdi. CP gen dizilerine dayanarak elde edilen filogenetik dendrogramın sonuçları, bizim izolatlarımızın Türkiye`deki yonca bitkilerinden izole edilen dört AMV izolatı ile yakından ilişkili olduğunu açıkça ortaya koymuştur. Bildiğimiz kadarıyla bu çalışma, Bingöl ilinde sararma, beneklenme ve yaprak anormallikleri gösteren yonca bitkilerinde belirlenen AMV virüsünün ve moleküler filogenisinin ilk raporudur.
Keywords : Yonca Mozaik Virüsü, Filogenetik Ağaç, Klonlama, Kapsid Proteini, RT PCR