Ordu İli Rubus Türlerinin Moleküler Tanısı ve Filogenisi

Authors : Onur KOLÖREN, Seçil EKER

Pages : 39-46

View : 18 | Download : 16

Publication Date : 2018-12-29

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmanın amacı, Doğu Karadeniz Bölgesi Ordu ilinin fındık ve boş alanlarında yaygın olarak bulunan yabancı ot türlerinden biri olan Rubus spp.’nin filogenetik farklılıklarını Ribozomal RNA insert ignore into journalissuearticles values(rRNA); Internal Transcribed Spacer insert ignore into journalissuearticles values(ITS); gen bölgelerini kullanarak belirlemektir. Çalışma için, Ordu ilinden 30 Rubus spp. örnekleri toplanmıştır. DNA izolasyon prosedürü olan Haymes insert ignore into journalissuearticles values(1996); CTAB insert ignore into journalissuearticles values(hexadecyl-trimethyl-ammonium bromide); protokolü modifiye edilerek uygulanmıştır. Ribozomal RNA insert ignore into journalissuearticles values(rRNA); ITS gen bölgesi için, GenBankasından temin edilen referans sekans dizileri ile çalışmada elde edilen sekans sonuçları karşılaştırılmıştır. Dizilerin genetik uzaklıkları MEGA6 paket programı kullanılarak hesaplanmış ve bu veri setleri ile filogeni ağaçlarının çizimi yapılmıştır. Örnekler arasından insert ignore into journalissuearticles values(Fatsa 3-F3, Fatsa 6-F6, Perşembe 2-P2, Perşembe 5-P5, Çamaş 3-CM3, Ordu 1-O1, Saraycık 1-S1, Çatalpınar 1-CT1, Çatalpınar 2-CT2 ve Çatalpınar 3-CT3); on Rubus türü tespit edilmiştir. Örneklerimizden 6 tane haplotip sonucu çıkmıştır. Bunlardan; Haplotip 1 insert ignore into journalissuearticles values(F3);, Haplotip 3 insert ignore into journalissuearticles values(P2);, Haplotip 4 insert ignore into journalissuearticles values(P5);, Haplotip 5 insert ignore into journalissuearticles values(CM3, S1); ve Haplotip 6 insert ignore into journalissuearticles values(O1, CT1, CT2, CT3); %100 nükleotid dizisi benzerliği bakımından sırasıyla R. sanctus insert ignore into journalissuearticles values(KM037599);, Rubus sp. insert ignore into journalissuearticles values(KM037207);, R. divaricatus insert ignore into journalissuearticles values(KM037293);, R. conothyrsoides insert ignore into journalissuearticles values(KM037285); ve R. capricollensis insert ignore into journalissuearticles values(KM037256); ile yakın akraba olarak belirlenmiştir. Haplotip 2 insert ignore into journalissuearticles values(F6); ise, %99,8 nükleotid dizisi benzerliği bakımından R. silvativus insert ignore into journalissuearticles values(KM037557); ile yakın akraba olarak görülmüştür.
Keywords : Doğu Karadeniz Bölgesi, ITS internal transcribed spacer, PZR polimeraz zincir reaksiyonu, Rubus spp, Yabancı Ot