Çeşitli Bitki Taksonlarında Bazı DNA İzolasyon Yöntemlerinin Karşılaştırmalı Analizi

Authors : Pelin YILMAZ SANCAR
Pages : 117-128
Doi:10.47898/ijeased.834338
View : 34 | Download : 8
Publication Date : 2021-07-15
Article Type : Research Paper
Abstract :Bitkilerde moleküler düzeyde yapılan çalışmalar, incelenen taksonlardan maksimum kalitede DNA eldesi gerektirmektedir. Bu nedenle, çalışılacak bitkilerden yüksek konsantrasyonlu ve mümkün olabildiğince saf DNA eldesi son derece önemlidir. Bitkilerden genomik DNA izolasyonu için farklı protokoller bulunmaktadır. Bu araştırmada tıbbi ve aromatik bitkilerden Asteraceae, Apiaceae ve Lamiaceae familyalarına ait bazı taksonlar kullanılmıştır. Taksonların hem herbaryum materyali haline getirilmiş kuru yaprak dokularından, hemde taze yaprak dokularından örnekler alınarak denenecek yöntemlerin hangi tip dokularda daha etkin olduğu araştırılmaya çalışılmıştır. Kullanılan yöntemlerde ekstraksiyon tampon çözeltileri içinde yalnızca CTAB ile CTAB+PVP beraber olacak şekilde hazırlanmış, buna ilave olarak hazır izolasyon kiti kullanılmıştır. Genel olarak tüm yöntemlerden yüksek konsantrasyonda DNA elde edilirken, bu yöntemlerle elde edilen gDNA’da, proteinler, RNA, polisakkaritler, uçucu yağlar, fenoller ve diğer kirleticilerin miktarı minimal düzeye indirilmeye çalışılmıştır. İzole edilen DNA’ların konsantrasyonu ve saflığı nanodrop spektrofotometrede ölçülürken, yoğunluğu agaroz jel elektroforezinde görüntülenmiştir. Ayrıca elde edilen DNA’ların PCR çalışmalarına uygunluğu da çeşitli primerler kullanılarak test edilmiştir. Elde edilen DNA’ların miktarı ve kalitesi taksonlar arasında farklılık gösterse de en kaliteli izolasyon her zaman taze bitki materyali kullanılarak yapılan izolasyonlardan elde edilmiştir. Bununla birlikte yalnızca CTAB çözeltisi kullanılan ekstraksiyon yöntemi en yüksek saflık ve yoğunlukta olan DNA’ yı sağlamıştır. Bunu takiben CTAB+PVP yöntemlerinin benzer sonuçlar verdiği görülürken, hazır kit kullanımının ise bitkilerden DNA izolasyonunda çok da kullanışlı olmadığı saptanmıştır. Hazır kit kullanımı her ne kadar daha temiz görünümlü DNA verse de elde edilen DNA’ların yetersiz olduğu görülmüş ve PCR çalışmalarında müspet sonuç vermemiştir.
Keywords : DNA izolasyonu, Bitki, CTAB, PCR

ORIGINAL ARTICLE URL