Narda (Punica granatum L.) Yeni Nesil Dizileme Teknolojisi Kullanılarak SSR Markırlarının Geliştirilmesi

Authors : Özhan ŞİMŞEK, Dicle DÖNMEZ, Burhanettin İMRAK, Ahsen IŞIK ÖZGÜVEN, Yıldız AKA KAÇAR

Pages : 161-167

Doi:10.24180/ijaws.469748

View : 47 | Download : 13

Publication Date : 2018-12-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Nar çok yıllık, çalı formunda, çok kuvvetli kök sistemine sahip bir subtropik iklim bitkisi olarak bilinmektedir. Mikrosatellitler yüksek organizmalara ait kromozomlar üzerinde ardışık olarak tekrarlanmakta olan 1-6 bp nükleotid gruplarından oluşmaktadır. Son yıllarda geliştirilen ve günümüzde en önemli teknolojilerden biri olarak karşımıza çıkan yeni nesil DNA dizileme teknolojileri yüksek doğrulukla, ultra hızlı dizileme yapabilmektedir. RNA dizileme gen ifadesinin kantitatif analizi için en güçlü ve yeni teknolojilerden biridir. Bu çalışmada yeni nesil dizileme teknolojileri kullanılarak narda mikrosatellit bölgelerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla RNA-seq çalışmaları yürütülmüştür. RNA-seq analizlerinde `Hicaznar` ve `33N26` çeşitleri kullanılmıştır. Biyoinformatik çalışmalar sonucunda DNA üzerinde mikrosatellit bölgelerin tanımlanması sağlanmıştır. Çalışma sonunda yaklaşık 19,000 mikrosatellit belirlenmiştir. Bu bölgeler arasından rastgele seçilen 20 SSR insert ignore into journalissuearticles values(Basit Dizi Tekrarları); primeri çifti 40 farklı nar genotipinde test edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda 20 SSR primer çiftinden de başarılı bir şekilde amplifikasyon sağlandığı, bunlardan 5 tanesinin polimorfik sonuçlar verdiği tespit edilmiştir.
Keywords : Mikrosatellit, gen, primer, DNA

ORIGINAL ARTICLE URL