Incidence and coat protein characterization of apple stem pitting virus isolates from Isparta province of Turkey

Authors : Ali ÇELİK

Pages : 475-483

Doi:10.24180/ijaws.1180101

View : 26 | Download : 12

Publication Date : 2022-12-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Türkiye, sahip olduğu iklim çeşitliliği ve coğrafi özellikler nedeniyle meyvecilik açısından dünyada oldukça önemli bir ülke konumundadır. Bu meyvelerden bir tanesi olan elma ülkemizde yoğun olarak yetiştiriciliği yapılan bir meyve olup özellikle Akdeniz Bölgesi elma tarımı ile ön plana çıkmaktadır. Günümüzde viral hastalıklar elma tarımı içerisinde önemli bir verim kayıp unsuru olarak ele alınmaktadır. Bu çalışmada Türkiye’nin önemli bir elma üreticisi konumunda olan Isparta ilinde apple stem pitting virus insert ignore into journalissuearticles values(ASPV);’nin yaygınlık durumu belirlenmişve moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Toplanan 70 adet elma yaprağı örneğinden 7’sinde ASPV enfeksiyonu DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. Virüsün kılıf protein bölgesinin kısmi dizi bilgisi elde edilerek GenBank erişim numaraları alınmıştır. Oluşturulan benzerlik matrisinde izolatların GenBank referans izolatları ile 79-93% oranında nükleotid düzeyinde benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. GenBank’ta yer alan ve ASPV’nin filogenetik ayrımında güvenilir olduğu değerlendirilen belirli sayıda izolat seçilerek elde edilen filogenetik ağaç 6 gruba ayrılmış ve bu çalışma kapsamında elde edilen izolatlar filogrup 1 içerinde yer almıştır. Bu çalışma ASPV’nin Isparta bölgesinde yaygınlık durumunun incelendiği ilk çalışma özelliğindedir. Araştırma sonuçlarının ASPV’nin Türkiye’deki durumunun daha iyi anlaşılmasına katkı sunacağı düşünülmektedir.
Keywords : ASPV, filogenetik ilişki, moleküler karakterizasyon