Detection and Characterization of two Phytoplasma lineages on Cucumber (Cucumis sativus L.) with Same Symptomatology based on Virtual RFLP and Nucleotide Sequence Analysis of 16S rDNA

Authors : Mustafa USTA, Abdullah GÜLLER, Hikmet Murat SİPAHİOĞLU

Pages : 299-308

Doi:10.29133/yyutbd.288346

View : 21 | Download : 10

Publication Date : 2017-09-29

Article Type : Research Paper

Abstract :Van ilinde yetiştiriciliği yapılan hıyarlarda insert ignore into journalissuearticles values(Cucumis sativus L.); fitoplazma benzeri belirtiler görülmüştür. Gözlenen en önemli belirtiler arasında şiddetli cüceleşme, cadı süpürgesi görünümü, rozetleme ve küçük yapraklılık yer almaktadır. Toplanan 8 hıyar örneğine R16mF2/R16mR1 ve R16F2n/R16R2 primer çiftleri ile uygulanan Nested-PCR testi uygulanmıştır. Belirti gösteren ve göstermeyen hıyar yapraklarından izole edilen genomik DNA’ların kullanıldığı PCR reaksiyonunda fitoplazma etmenlerine ait 16S rDNA fragmentleri çoğaltılmış ve test edilen sekiz örneğin dördünde 1.25 kb uzunluğunda DNA fragmentleri elde edilmiştir. Beklenen band büyüklüğünü veren örneklerden rastgele seçilen iki örnek uygun bir plasmid vektörde klonlanmıştır. Saflaştırılan rekombinant plasmid DNA’sı çift yönlü olarak dizilenmiş ve 16S rDNA dizisinin BLAST ve RFLP analizleri yapılmıştır. Şiddetli fitoplazma belirtisi gösteren hıyar numunelerinin birinde ‘Candidatus Phytoplasma solani’ insert ignore into journalissuearticles values(benzerlik katsayısı 1.00); insert ignore into journalissuearticles values(GenBank erişim no: KX977570);, diğerinde ise ‘Candidatus Phytoplasma trifolii’ insert ignore into journalissuearticles values(benzerlik katsayısı 0.98); insert ignore into journalissuearticles values(GenBank erişim no: KR080212); saptanmıştır. İzolatlardan birincisine‘Van-solani’ diğerine ise ‘Van-trifolii’ izolatı isimleri verilmiştir. İki farklı fitoplazma etmeninin oluşturduğu belirtiler arasında bir fark gözlenmemiştir. Yazarların bilgisine göre, Türkiye’de hıyarları doğal olarak enfekte eden `Ca. P. solani` ve `Ca. P. trifolii` fitoplazma etmenleri ilk defa bu çalışma ile rapor edilmiştir.
Keywords : Cucumis sativus, Candidatus Phytoplasma solani, Candidatus Phytoplasma trifolii, Karakterizasyon, Survey