Characterization and Haplotype Analysis of Colletotrichum truncatum in Greenhouse Tomato in Turkey

Authors : Esra GÜL

Pages : 776-785

Doi:10.29133/yyutbd.912293

View : 20 | Download : 13

Publication Date : 2021-09-15

Article Type : Research Paper

Abstract :C. truncatum`un insert ignore into journalissuearticles values(Schwein.); Andrus and W.D. Moore neden olduğu antraknoz çoğu tropikal ürünün ekonomik olarak önemli bir hastalığıdır. Son yıllarda domateste de patojen olduğu rapor edilmiştir. Bu çalışmada, enfekteli meyveler 2019 yılında Antalya ilinden elde edilmiştir. İzolatlar tek spor alınarak saflaştırıldı. Konidiler 22.5-32.5 × 3.75 µm olarak ölçülmüştür. DNA izolasyonu CTAB metodu kullanılarak gerçekleştirildi. PCR amplifikasyonundan sonra, PCR ürünleri agaroz jelde koşturuldu, UV cihazı ile görüntülendi ve sekanslandı. Filogenetik analiz MEGA 7`de yapılmıştır. Morfolojik ve filogenetik analizlere dayanarak CT izolatı C. truncatum olarak tanımlanmıştır. Patojenite testleri domates yaprakları ve çeri domatesleri kullanılarak gerçekleştirildi. İnokule edilen yapraklar ve domatesler, 27 °C sıcaklık ve 12:12 saat aydınlık-karanlık koşulları altındaki iklim odasında nemli bir filtre kağıdı üzerinde inkübe edilmiştir. İnokülasyonun 7. gününde enfekteli dokularda acervuli gözlenmiştir. Haplotip, haplotip sayısı ve nükleotid çeşitliliği DnaSP 6.0 yazılımı ile analiz edilmiştir. Farklı ülkelerden 46 C. truncatum izolatının ITS sekansına göre 8 haplotip belirlenmiştir. Haplotiplerin medyan birleştirme ağı analizi NETWORK 10 programı kullanılarak çizilmiştir. Türkiye`den bu çalışma ile rapor edilen CT izolatının ve domateste rapor edilen diğer referans izolatların en yaygın haplotip olan H1`de olduğu belirlenmiştir.
Keywords : Domates, Colletotrichum, Haplotip, Filogenetik analiz, Network analizi