DOCKING STUDIES OF SOME RETINOIDAL COMPOUNDS TO RXRα PROTEIN

Authors : ASelen GURKANALP, Erdem BUYUKBINGOL

Pages : 155-166

Doi:10.1501/Eczfak_0000000524

View : 20 | Download : 13

Publication Date : 2009-09-01

Article Type : Research Paper

Abstract :Retinoid türevleri ve RXR-alfa (RXRα) reseptör proteini arasındaki etkileşimleri incelemek için AutoDock Tools - 1.5.4 kullanılarak, önceki çalışmada sentezi gerçekleştirilen retinoid analoglarının doking çalışmaları yapılmıştır. RXRα reseptör proteini, Protein Veri Bankasından *.pdb formatında (3FUG) alınmıştır. Bileşiklerin farklı konformasyonlardaki etkileşiminin bağlanma enerjileri elde edilmiş ve her bir bileşiği temsilen en iyi uyumu veren konformasyon seçilmiştir. Bileşik 17, RXRα proteinine en güçlü bağlanan bileşik (∆G = -10.90 kcal/mol) olarak ortaya çıkmaktadır
Keywords : AutoDock Tools, Doking, Retinoid, RXR α