PHARMACOPHORE MODELING STUDIES ON KNOWN MMP-9 ENZYME INHIBITORS TO IDENTIFY THE IMPORTANT COMMON FEATURES

Authors : Tugba ERTANBOLELLİ, Kayhan BOLELLİ

Pages : 204-210

Doi:10.33483/jfpau.690373

View : 21 | Download : 10

Publication Date : 2020-05-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Bu çalışmada, yapı-aktivite ilişkilerini açıklamak amacıyla bilinen MMP-9 inhibitörleri üzerinden farmakofor modeller oluşturuldu. Gereç ve Yöntem: Bilinen MMP-9 inhibitörlerinin ortak farmakoforik özellikleri belirlenerek, yapı-aktivite ilişkilerini açıklamak üzere farmakofor modeller oluşturuldu. Bu çalışma için Discovery Studio 3.5 programı kullanıldı. Bilinen MMP-9 inhibitörleri (NFH, Batimastat, Marimastat, Prinomastat, CGS-27023A ve Ro32-3555), ortak farmakofor özelliklerin belirlenmesinde kullanıldı. İki hidrojen bağı alıcısı, bir hidrojen bağı donörü ve bir hidrofobik özellik içeren hipotez seçildi. Sonuç ve Tartışma: CGS-27023A ve Ro32-3555 dışındaki test edilen tüm inhibitörler, seçilen farmakofor modele mükemmel bir şekilde uydu. Bu iki inhibitör A2 özelliğine uymadı. Buna göre, etki için verilen konumlardaki A1, D1 ve H1 özelliklerinin gerekli olabileceği sonucuna varıldı. Ayrıca, önemli etkileşimleri tanımlamak için farmakofor model, NFH ve MMP-9 enzim kompleksi ile karşılaştırıldı. Tüm farmakoforik özelliklerin verilen pozisyonlarda, protein ile bir etkileşim gözlendi. Bu durum farmakofor hipotezimizi de desteklemektedir. Sonuç olarak, bu farmakofor model, MMP-9 enziminin yeni küçük molekül inhibitörlerini tasarlamak için yararlı olabilir.
Keywords : enflamatuar hastalıklar, farmakofor modelleme, kanser, MMP 9, yapı etki ilişkileri