Arayüz Mutasyonlarının Protein Etkileşimlerine Tesirini Tahmin Eden Algoritmalarla HADDOCK’un Performansının Karşılaştırılması

Authors : Mehdi KOŞACA, Eda ŞAMİLOĞLU, Ezgi KARACA

Pages : 592-608

Doi:10.7240/jeps.920075

View : 12 | Download : 10

Publication Date : 2021-12-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Hücresel süreçler proteinlerin birbirleriyle yaptıkları etkileşimlerinin üzerinden ilerler. Bilinen protein-protein etkileşimleri, etkileşim arayüzlerinde meydana gelen nokta mutasyonları ile yeniden düzenlenebilir. Bu düzenleme sonucunda, mevcut etkileşimler bozulabilir ve bu durum, kanser ve nörodejenaratif hastalıkların oluşmasına yol açabilir. Mutasyonların bu kadar hayati bir etkisinin olabilmesi, onların protein etkileşimleri üzerindeki etkisinin tahminini, hesaplamalı biyolojinin aktif çalışma alanlarından biri haline getirmiştir. Mevcut mutasyon etki tahmin algoritmalarının yanında, ünlü kenetlenme programı HADDOCK, protein-protein etkileşim arayüzünde görülen mutasyonların, ayrıntılı bir şekilde modellenmesine olanak sağlamaktadır. Bu çalışmamızda, HADDOCK’un literatürde önerilen kullanım parametrelerini optimize ederek, mutasyon tahmin performansını iyileştirmeyi hedefledik. Bu kapsamda yaptığımız karşılaştırma çalışmamızda, HADDOCK’un en optimum parametre seçkisi ile bile alternatif bir mutasyon tahmin algoritması olan EvoEF1’in performansını geçemediğini ortaya koyduk. Bunun yanında, EvoEF1’in performansını EvoEF2, FoldX ve UEP tahmin algoritmalarınınki ile karşılaştırdığımızda, EvoEF1’in en iyi performansı gösterdiğini gözlemledik. Dolayısıyla, bu çalışmamızın sonucu olarak, EvoEF1 programının protein-protein etkileşimlerinde nokta mutasyonunun etkisini tahmininde öncelikli olarak kullanılmasını önermekteyiz.
Keywords : Nokta mutasyonu modellemesi, Bağlanma afinitesi, HADDOCK, protein protein etkileşimi, örnekleme optimizasyonu