Tuz Stresi Altındaki Kişniş Bitkisinin (Coriandrum sativum) DNA Metilasyon Modlarının RAPD Markırları ile Belirlenmesi

Authors : Emine Uygur Göçer

Pages : 1-9

Doi:10.46876/ja.1410871

View : 52 | Download : 52

Publication Date : 2024-06-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Epigenetik, gen ifadesi ve fonksiyonundaki kalıtsal değişiklikleri tanımlayan bir alanı ifade eder, ancak DNA baz değişimi olmaksızın gerçekleşir. Bitkilerde en çok incelenen epigenetik mekanizmalar, DNA metilasyonu ve histon proteinlerindeki kimyasal modifikasyonlardır. Epigenetik araştırmalarda, düşük ve yüksek işlem hacimli DNA metilasyon tespiti için çeşitli teknikler kullanılmaktadır. Düşük işlem hacimli tekniklerden biri, enzim tabanlı DNA sitozin metilasyonunu belirleme yaklaşımıdır. Bu yöntem, biyolojik aktiviteleri ve terapötik potansiyeli olan tuz uygulaması yapılan kişniş (Coriandrum sativum) fidelerinde rastgele genlerdeki DNA sitozin metilasyonunu incelemek amacıyla kullanılmaktadır. Bu çalışma, bitki genotiplerindeki epigenetik değişiklikleri anlamamıza ve bu değişikliklerin biyolojik etkilerini değerlendirmemize olanak tanır. Bu çalışmada tuz stresine maruz kalan kişniş fidelerinden 12. ve24. Saatlerde alınan doku örnekleri arasındaki sitozin metilasyon polimorfizmini ortaya koymak için touch-down polimeraz zincir reaksiyonları metilasyon duyarlı-rastgele arttırılmış polimorfik DNA (TD-MS RAPD) tekniği uygulanmıştır. Kişniş fidelerinden (Cemre) genomik DNA örnekleri izole edilmiş ve DNA izolatı touch- metilasyona duyarsız olan MspI restriksiyon enzimi ve metilasyona duyarlı HpaII restriksiyon enzimi ile kesilmiştir. Kullanılan 9 oligonükleotid primerinden üç primer (OPA 05-OPD 01-OPH 10) uygulamalar ve saatlik alınan örnekler arasında metilasyon polimorfizmleri belirlenmiştir. TD-MS-RAPD-PZR metodu, basit ve temel cihazlar gerektiren ekonomik bir yaklaşımdır. Bu yöntem, standart bir DNA termal döngü cihazı ve DNA jel elektroforezi sistemi kullanılarak kolayca uygulanabilir. Bu metotla belirlenen sitozin metilasyon polimorfizmi uygulamalar arsında oldukça düşüktür. İki farklı tuz uygulaması arasında (100mM-200mM) düşük düzeyde polimorfizm olduğu sonucuna varılmıştır. Saatlik alınan kişniş fidelerinden elde edilen doku örneklerindeki metilasyona bakıldığında ise 12’nci ve 24’üncü saatlerde alınan örnekler arasında bir metilasyon farkı tespit edilmemiştir.
Keywords : Kişniş, DNA metilasyonu, MspI HpaII