Comparative genomics insight into phytopathogenic Xanthomonas arboricola pathovar corylina strains

Authors : Şafak KALINDAMAR

Pages : 66-71

Doi:10.35229/jaes.832315

View : 39 | Download : 12

Publication Date : 2021-03-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Xanthomonas arboricola pathovar corylina insert ignore into journalissuearticles values(Xac);, Dünya çapında genç fındık ağaçlarında ekonomik kayıplarla sonuçlanan fındık bakteriyel yanıklığı hastalığına neden olmaktadır. Virülent Xac suşlarının tüm genomları dizilenmiş olmasına rağmen, bu genomlar üzerinde bir karşılaştırmalı genomik çalışma henüz yoktur. Bu çalışmada, Xac suşlarının halka açık tüm genom dizileri, karşılaştırmalı genomik yaklaşım kullanılarak karşılaştırılmıştır. Elde edilen sonuçlarda, Xac CFBP1159 ve Xac CFBP2565 genomlarının, ortoloji sonucuna göre filogenetik olarak birbirleriyle daha yakın ilişkili olduğu saptanmıştır. Xac suşlarının genomik çeşitliliğinin mobil genetik elementlerle ilişkişi olduğu anlaşılmıştır. İlginç bir şekilde, Xac NCCB100457 genomu, Xac CFBP1159 ve Xac CFBP2565 genomlarından daha fazla motilite genlerine sahiptir. Tüm Xac genomları, sekresyon sistemleri ve adhezyon faktörleri gibi virülans ile ilgili ortak genlere sahiptir. Bu çalışmanın karşılaştırmalı genomik yaklaşımı, Xac genomlarının bazı genetik varyasyonlara sahip olduğu ve virülans ile ilgili proteinlerin konakçı proteinlerle etkileşime girdiğini desteklemektedir. Bu çalışmanın karşılaştırmalı genomik yaklaşımı, Xac genomlarının anlaşılması için bir öngörü sağlamıştır.
Keywords : Xanthomonas, karşılaştırmalı genomik, virülans, bitki patojeni, konak patojen ilişkisi

ORIGINAL ARTICLE URL