Shotgun Metagenomic Analysis for Mucilage in the Surface Waters of The Çanakkale Strait (Dardanelles): Metabolic Diversity, Microbial Community Structure and Antibiotic Resistance Genes

Authors : Sevdan YILMAZ, Dilek KAHRAMAN YILMAZ, Ekrem Şanver ÇELİK, Mehmet Ali KÜÇÜKER

Pages : 717-726

Doi:10.35229/jaes.989058

View : 45 | Download : 11

Publication Date : 2021-12-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışma da Çanakkale Boğazı yüzey sularındaki müsilajın metabolik çeşitliliğini, mikrobiyal topluluk yapısını ve çeşitli antimikrobiyal direnç genlerini incelemek için shotgun metagenom dizilimi kullandık. Nisan 2021`de Çanakkale Boğazı`nın üç farklı istasyonundan müsilaj örnekleri toplandı. Filum düzeyinde baskın mikrobiyal topluluklar Bacteroidetes insert ignore into journalissuearticles values(%20.06);, Proteobacteria insert ignore into journalissuearticles values(%13.68);, Verrucomicrobia insert ignore into journalissuearticles values(%6.25);, Planctomycetes insert ignore into journalissuearticles values(%3.02); ve Cyanobacteria insert ignore into journalissuearticles values(%2.5); olarak belirlendi. KEGG insert ignore into journalissuearticles values(Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi); kullanılarak yapılan metabolik yol analizi, müsilaj örneklerinin genlerinin çoğunun sınıflandırılmamış insert ignore into journalissuearticles values(%73.86);, ardından sırasıyla metabolizma insert ignore into journalissuearticles values(%14.45);, genetik prosesler insert ignore into journalissuearticles values(%4.16);, çevresel prosesler insert ignore into journalissuearticles values( %2.57, hücresel prosesler insert ignore into journalissuearticles values(%1.88);, insan hastalıkları insert ignore into journalissuearticles values(%1.61); ve organizma sistemleri insert ignore into journalissuearticles values(%1.47); ile ilişkili olduğunu göstermiştir. dfrA3 geni baskın olup insert ignore into journalissuearticles values(%20,36);, ardından sırasıyla CRP insert ignore into journalissuearticles values(%18,17);, PmrE insert ignore into journalissuearticles values(%14,92);, rpoB2 insert ignore into journalissuearticles values(%11,17);, SoxR insert ignore into journalissuearticles values(%7,49);, AbeS insert ignore into journalissuearticles values(%6,83);, baeR insert ignore into journalissuearticles values(%5,22);, PmrF insert ignore into journalissuearticles values(%3,70);, dfrA22 insert ignore into journalissuearticles values(%2,20);, dfrA26 insert ignore into journalissuearticles values(%1,76);, dfrA20 insert ignore into journalissuearticles values(%1,63);, golS insert ignore into journalissuearticles values(%1,26);, CAT insert ignore into journalissuearticles values(%1,03);, mtrA insert ignore into journalissuearticles values(%1,01);, TMB-1 insert ignore into journalissuearticles values(%0,64);, novA insert ignore into journalissuearticles values(%0,64);, dfrK insert ignore into journalissuearticles values(%0,59);, vanXB insert ignore into journalissuearticles values(%0,48);, dfrG insert ignore into journalissuearticles values(%0,39);, FosC2 insert ignore into journalissuearticles values(%0,31); ve MexA insert ignore into journalissuearticles values(%0,20); genleri yer almıştır. Antibiyotik direnç geni insert ignore into journalissuearticles values(ARG); tipleri, temel olarak çoklu ilaç direnci insert ignore into journalissuearticles values(%40,19);, trimetoprim insert ignore into journalissuearticles values(%26,93);, polimiksin insert ignore into journalissuearticles values(%18,62);, rifamisin insert ignore into journalissuearticles values(%11,17);, kloramfenikol insert ignore into journalissuearticles values(%1,03);, aminokumarin insert ignore into journalissuearticles values(%0,64);, beta-laktamaz insert ignore into journalissuearticles values(%0,64);, fosfomisin insert ignore into journalissuearticles values(%0,31); ve vankomisin insert ignore into journalissuearticles values(%0,48); direnç genlerini içeriyordu. Müsilaj yapısında yüksek çoklu antibiyotik direnci ve trimetoprim, polimiksin, rifamisin ve kloramfenikol gibi önemli antibiyotik dirençlerinin bulunması halk sağlığı açısından riskli bir durum olarak değerlendirilebilir. Bu bulgular ışığında gelecekte farklı zamanlarda ve derinliklerden alınacak örneklerle daha detaylı çalışmalara ihtiyaç olduğu gözlemlenmiştir.
Keywords : Antibiyotik, Deniz agregatları, Deniz karı, Halk sağlığı, Metagenom, Müsilaj

ORIGINAL ARTICLE URL