Çanakkale İli Ispanak Üretim Alanlarında Pancar Nekrotik Sarı Damar Virüsü (Beet Necrotic Yellow Vein Virus BNYVV)’nün Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu

Authors : Zeynep BAĞLAN, Savaş KORKMAZ

Pages : 278-292

Doi:10.28979/comufbed.614884

View : 17 | Download : 13

Publication Date : 2019-12-19

Article Type : Research Paper

Abstract :Ispanak önemli bir kışlık sebze olup ülkemizin her bölgesinde üretimi yapılmaktadır. Ispanak üretiminde verim ve kaliteyi etkileyen birçok hastalık etmeni vardır ve bunlar içerisinden virüsler önemli bir yer tutmaktadır. Bu virüs hastalıklarından bir tanesi “Rhizomonia” olarak ta adlandırılan Pancar nekrotik sarı damar virüsü insert ignore into journalissuearticles values(Beet necrotic yellow vein virus; BNYVV);’dür. BNYVV’nin ülkemizde ıspanak bitkisinde varlığı serolojik yöntemlerle belirlenmiş ancak moleküler düzeyde bir çalışma yapılmamıştır. Bu amaçla Çanakkale’de il ve ilçe düzeyinde ıspanak yetiştiriciliği yapılan alanlara BNYVV’nin varlığını belirlemek ve tanısını yapmak amacı ile 2017-2018 üretim yılında bir arazi çalışması gerçekleştirilmiştir. Bu arazi çalışması kapsamında tipik virüs simptomları gösteren ıspanak bitkilerinden 66 örnek alınmıştır. Alınan örneklerdeki BNYVV varlığı virüs proteinine dayalı bir yöntem olan DAS-ELISA testi ile belirlenmiştir. DAS-ELISA testi sonuçlarına göre 66 örneğin 12’si BNYVV ile enfekteli bulunmuştur. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden bir tanesi seçilerek insert ignore into journalissuearticles values(CNKSpinach39); örtü protein geni insert ignore into journalissuearticles values(coat protein; CP); RT-PCR ile çoğaltılmıştır. CP geni çoğaltılan izolatın RT-PCR ürünleri saflaştırılmış ve nükleotid dizileri belirlenmiştir. Elde edilen nükleotit insert ignore into journalissuearticles values(nt); dizileri kullanılarak seçilen izolata ait CP geninin amino asit insert ignore into journalissuearticles values(aa); dizileri çıkarılmıştır. Bu nükleotid ve amino asit dizileri dünya BNYVV izolatlarının CP genlerinin nükleotid ve amino asit dizileri ile karşılaştırılarak, göstermiş oldukları benzerlik oranları ve filogenetik ilişkileri saptanmıştır. Gerçekleştirilen çoklu nt ve aa temelli dizi karşılaştırmaları sonucunda CNKSpinach39 izolatının dünya izolatları ile %95-99 oranında benzerlikler gösterdiği belirlenmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise CNKSpinach39 izolatının B patotipinde yer aldığı tespit edilmiştir. Bu çalışma ile ülkemizde ıspanakta ilk defa BNYVV’nin B patotipi bulunmuştur. 
Keywords : PCR, benzerlik, filogenetik, ıspanak, BNYVV