Kloramfenikol Aptameri Fonksiyonlandırılmış DNA Hidrojellerinin Sentez Koşullarının Optimizasyonu

Authors : Gülnur CAMIZCI ARAN, Ceren BAYRAÇ

Pages : 145-157

Doi:10.28979/jarnas.1166311

View : 15 | Download : 16

Publication Date : 2023-03-06

Article Type : Research Paper

Abstract :Aptamer fonksiyonlandırılmış DNA hidrojelleri yüksek özgünlük, stabilite ve esneklik gibi özellikleri nedeniyle birçok alanda kullanılmaktadır. Bu çalışma kapsamında kloramfenikole özgü aptamer dizisi fonksiyonlandırılmış DNA hidrojeli sentezi gerçekleştirilmiş ve hidrojel stabilitesi için önemli parametreler optimize edilmiştir. Sentez için 5’ uçları akridit modifiyeli kloramfenikole özgü aptamer ile ona kısmen eşlenik DNA ipliği polimer yapıya yan dal olarak katılmış ve eşlenik bölgelerin hibridizasyonu ile bir arada tutularak hidrojel sentezi gerçekleştirilmiştir. Optimize edilmiş parametreler akridit modifiyeli DNA dizilerinin konsantrasyonları, akrilamid yüzdesi, kloramfenikol aptameri ve DNA iplik 1 içeren lineer polimer çözeltilerin molar oranlarıdır. Ayrıca, reaksiyon sıcaklığı ve eşlenik bölgenin uzunluğunun jel stabilitesine etkisi değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, DNA hidrojel stabilitesi için %60’lık lineer poliakrilamid-DNA konjugasyonundan, %40 akrilamid stok çözeltisi kullanılarak 1:1 molar oranda karıştırılan aptamer ve DNA iplik çözeltileri ile 25°C’de aptamer fonksiyonlandırılmış DNA hidrojeli sentezi tamamlanmıştır. Bunlara ek olarak, aptamer dizisi ile DNA iplik arasındaki eşlenik bölgenin uzunluğunun stabiliteyi artırdığı sonucuna varılmıştır.
Keywords : Aptamer, DNA hidrojel, kloramfenikol