Models of spike, envelope and membrane proteins of SARS-CoV-2 variants for possible therapeutics

Authors : Gizem TUTKUN, Ahmet Ozan ÖZGEN, Uğur BİLGE

Pages : 133-141

View : 22 | Download : 10

Publication Date : 2022-12-23

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Şiddetli akut solunum sendromu ile ilişkili SARS-CoV-2, yüksek morbidite ve mortaliteye sahip, yaygın, hızla büyüyen bir enfeksiyon hastalığıdır. Bu virüsün üç yapısal proteininin dizisindeki mutasyonlar, pandeminin ilerlemesi üzerinde önemli bir etkiye sahip olabilir. Bu çalışmada, söz konusu SARS-CoV-2\`nin beş varyantındaki mutasyonlar modellenip analiz edilerek, gelecekteki ilaç ve aşı araştırmaları için olası hedeflerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: DSÖ tarafından Endişe Verici Varyantlar insert ignore into journalissuearticles values(VoC); olarak tanımlanan beş varyantın RNA dizileri NCBI\`den elde edildi. Bu dizilerin amino asit dizisine çevrilmesi, dizi hizalaması ve varyantlar arasında dizi karşılaştırması, 2020 çalışmasına referansla RStudio 1.4.1717\`de gerçekleştirilmiştir. Wuhan varyantının yapısal proteinleri ve PDB dosyaları, I-TASSER sunucusu ile yapılan çalışmalardan indirildi. Yapısal proteinlerin 3D görüntüleri LLC, Schrödinger, PyMOL Molecular Graphics System 1.2r3pre\`de gerçekleştirilmiştir. Sonuçlar: VoC ve Wuhan soyuna ait üç yapısal proteinin amino asit dizileri ve mutasyonlar gösterilmiştir. Alfa, Beta, Delta ve Gama\`daki mutasyon sayıları ise şu şekildeydi; 10, 8, 10 ve 12. Zarf ve zar proteinleri sırasıyla Beta ve Delta\`da birer mutasyona sahipti. Sonuçlar: Sonuçlar, SARS-CoV-2 varyantlarının spike proteinlerinde birkaç mutasyon meydana geldiğini göstermektedir. Zarf ve zar proteinlerinde sadece az sayıda mutasyon gözlenir. Gelecekteki aşı ve ilaç geliştirme çalışmaları için daha az mutasyona uğramış yapısal proteinlere odaklanmak faydalı olabilir.
Keywords : R programlama dili, SARS CoV 2, Dizi Hizalama, Yapı Proteinleri, Moleküler Modelleme