A Comparison of Bovine Torovirus Strains Based on Partial Membrane Glycoprotein (M) Gene Sequences

Authors : Turhan TURAN, Hakan IŞIDAN

Pages : 141-148

Doi:10.17094/ataunivbd.849058

View : 30 | Download : 16

Publication Date : 2021-10-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Bovine torovirus (BoTV), sığır koronavirüslerinden yakın bir zamanda ayrılmış olup yenidoğan buzağıların önemli viral ishal etkenlerinden birisidir. Epidemiyolojik veriler dünya çapında kısıtlı olmakla beraber, bu virüs diğer bazı ülkelerde 80’lerin başından itibaren bildirilmiştir. Bu çalışmada Elazığ, Sivas ve Malatya illerinden 0-30 günlük ishalli buzağılardan alınan dışkı örnekleri (n:150) nested RT-PCR metodu ile tarandı. Çalışılan örneklerin % 6’sında (9/150) 409 bç. kısmi M geni başarılı bir biçimde amplifiye edildi. Pozitif örneklerin bazıları seçilerek sekanslandı ve 9 adet örneğin 383 bazlık sekansı biyoinformatik analizde kullanıldı. Çalışmada GenBank’ta yer alan verilerle birlikte yapılan filogenetik analizler yeni bulunan izolatların da daha önce Türkiye’den bildirilenlerle benzer olduğunu ortaya koymuştur. Dizi analizi yaptırılan izolatların nükleotid benzerliği 97.13% ile 100% arasında bulunmuştur. Valin-izolöysin (V→I) mutasyonu 114. pozisyonda yalnızca Türk suşlarında mevcutken 144. pozisyonda bazı Türk ve Çin suşlarında gözlemlenmiştir. Öte yandan sadece bu çalışmada ortaya çıkarılan yeni Türk izolatlarında 4 adet sessiz mutasyon olduğu ortaya konuldu. Sonuç olarak, ortaya konulan bu bilimsel veriler ile sığır toroviruslarının moleküler karakteristiği ve epidemiyolojisine katkı sağlandı.
Keywords : Bovine torovirus, DNA dizi analizi, Filogenetik analiz, Türkiye