Yersinia ruckeri İzolatlarının Genotiplendirilmesinde PCR Tabanlı DNA Fingerprinting Tekniklerinin Karşılaştırmalı Analizi

Authors : Seda KÖSTERELİ, Ertan Emek ONUK

Pages : 262-271

Doi:10.22392/actaquatr.503853

View : 20 | Download : 13

Publication Date : 2019-09-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmanın amacı, Türkiye`nin farklı coğrafi bölgelerinden elde edilmiş olan Y. ruckeri izolatlarını tiplendirilmesinde farklı PCR tabanlı DNA fingerprinting metotlarını değerlendirmektir. Gökkuşağı alabalıklarından izole edilmiş on sekiz Y. ruckeri izolatı ERIC2 primerinin kullanıldığı enterobacterial repetitive intergenic consensus insert ignore into journalissuearticles values(ERIC); PCR metodu, P5, P6 ve M13 primerlerinin kullanıldığı randomly amplified polymorphic insert ignore into journalissuearticles values(RAPD); DNA PCR metodu ve insert ignore into journalissuearticles values(GTG);5 primerinin kullanıldığı insert ignore into journalissuearticles values(GTG);5 PCR metodu ile karakterize edildi. Test edilen tüm primerlerin doğru bir analiz için kullanılabilir amplifikasyon ürünü oluşturduğu belirlendi. Kluster ve ayrım gücü analizi sonuçlarına göre, Y ruckeri `nin moleküler tiplendirmesi için en uygun primerin ERIC2 primeri olduğu, bunu P5, P6, M13 ve insert ignore into journalissuearticles values(GTG); 5 primerinin takip ettiği belirlendi. ERIC PCR DNA fingerprinting metodu Y. ruckeri ’nin epidemiyolojik sürveyansının belirlenmesinde güçlü bir genotipik araç olarak düşünülebileceği sonucuna ulaşılmıştır.
Keywords : ERIC PCR GTG, 5 PCR, moleküler tiplendirme, RAPD PCR