Biber Bitkilerini Enfekte Eden Tobamovirüsler’in Simptomatolojisi ve L4 Genini Tanılayan Farklı Markırlar İle Realtime PCR Sonuçlarının Karşılaştırılması

Authors : Pelin Sarıkaya, Tuğba Toksöz, Sevgül Çoban, Hakan Fidan

Pages : 420-424

View : 4 | Download : 103

Publication Date : 2022-12-19

Article Type : Conference Paper

Abstract :Biber (Capsicum annuum L.) dünyada en yaygın olarak yetiştirilen ve ekonomik olarak önemli yere sahip sebzelerden gruplarından biridir. Biber yetiştiriciliği yapılan açık alanlar ve seralarda üretim girdilerini sınırlandıran faktörlerin başında virüs hastalıkları gelmektedir. Tohumla ve mekanik yollarla taşınabilen Tobamovirus grubuna ait virüslerden özellikle Pepper mild mottle virus (PMMoV) ve son yıllarda özellikle domates üretiminde ciddi problemlere sebep olan Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) biber yetiştiriciliği yapılan alanlarda ciddi enfeksiyonlara sebep olmaktadır. Bu iki virüs de biber bitkilerinde benzer simptomlar meydana getirmeleri sebebiyle simptomatolojik olarak ayırt etmek oldukça zordur. Teşhis için virüslere spesifik primerler ile RT-PCR yapılması gerekmektedir. Virüs enfeksiyonlarından korunmanın en etkili yöntemi dayanıklı çeşit kullanmaktır. Bu çalışmada biber bitkilerinde L4 dayanıklılık genini tanılayan farklı klasik markırlar ve DYN firmasına ait ‘simple probe’ teknolojisiyle çalışan L4 RealTime kiti kullanılarak, MAS (Marker-Assisted Selection) çalışmalarıyla L4 geni tanılaması hem klasik PCR hem de qPCR (quantitative PCR) sonuçlarıyla kıyaslanmıştır. MAS analizlerinde ise L4 genini tanılamak için kullanılan markırlar ile kıyaslama çalışması yapılmıştır. RealTime PCR ile uyumlu çalışan, beklenen-gözlenen sonuçlarını doğrulayan klasik PCR markırı da belirlenmiştir. Laboratuvar imkanları elverişli olduğu sürece L4 klasik markırlarının qPCR kitleri ile doğrulanması gerektiği, tek markıra bağlı kalınarak alınan sonuçların güvenilir olmadığı ortaya konmuştur.
Keywords : MAS, L4 dayanıklılık geni, PMMoV, ToBRFV, virüs

ORIGINAL ARTICLE URL