Türkiye’nin Eskişehir ilinden, Phaseolus vulgaris L.’den izole edilen rhizobial örneklerin moleküler karakterizasyonu

Authors : Cem Tolga GÜRKANLI, İbrahim ÖZKOÇ, Merih KIVANÇ

Pages : 106-114

View : 21 | Download : 9

Publication Date : 2018-08-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmada üç rizobial örnek R28, R51, R66 moleküler filogenetik yöntemler kullanarak analiz edilmiştir. Rizobial örnekler önceki bir çalışmada izole edilmiş Türkiye’nin Eskişehir ilinden toplanmış P. vulgaris L. bitkisinin kök nodüllerinden ve morfolojik analizleri yapılmıştır. Analizler üç adet housekeeping genden recA, atpD and glnII oluşan birleştirilmiş bir veri seti kullanılarak yapılmıştır. Ek olarak, simbiyotik plazmit tipini belirlemek için nodA ve nifH olmak üzere iki simbiyotik genin dizilemesi yapılmış ve analizleri gerçekleştirilmiştir. Housekeeping gen filogenisin sonucu olarak izolat R28 R. laguerreae ile ilişkili olarak bulunmuştur. Diğer iki izolat R51 ve R66, R. sophoriradicis ile aynı soy hattında yer almasına rağmen yeni bir tür sayılabilecek kadar yeterli farklılık göstermiştir. Fakat bu öngörünün ileri araştırmalar ile doğrulanmaya gereksinimi vardır. NodA and nifH genlerinin network analizleri R28 in özgün bir simbiyotik plazmite sahip olduğunu açık bir şekilde göstermiştir. Diğer taraftan R51 ve R66’nın simbiyotik plazmitlerinin p42d ile ilişkili olduğu bulunmuştur, bu plazmit Avrupa ve Türkiye’de P. vulgaris L. ile kök nodülü oluşturan rhizobiadaki yaygın görülen simbiyotik plazmittir. Bu çalışmada R. laguerreae in Türkiye’den ilk kaydı sunulmuştur. Ötesinde, bir R. laguerreae izolatının P. vulgaris L. kök nodüllerinden ilk kaydıda verilmiştir ve izolat R28 R. laguerreae bv. phaseoli olarak önerilmiştir. Ek olarak yeni bir rizobial tür için moleküler ip uçlarıda sunulmuştur. Fakat bu öngörünün ilave bazı moleküler ve morfolojik araştırmalar ile desteklenmesi gerekmektedir
Keywords : rhizobia, filogeni, housekeeping genler, nodülasyon, azot fiksasyonu