API-ZYM and numerical analysis of 16S rRNA gene ıdendified micromonospora ısolates from the Black Sea region

Authors : Fadime ÖZDEMİRKOÇAK, Talha GENÇBAY, A Rıdvan TOPKARA, Elif ÇİL, Kamil IŞIK

Pages : 81-92

View : 29 | Download : 13

Publication Date : 2017-08-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Çalışmamızda yeni tür olması muhtemel Micromonospora izolatlarına moleküler ve nümerik metodlar uygulanmıştır. Karadeniz bölgesinden alınan toprak örneklerinden izole edilen farklı aktinomisetlerin izolasyon çalışması farklı izolasyon teknikleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bakterilerin genomic DNA’sı DNA izolasyon kiti kullanılarak elde edilmiştir. Test izolatlarına ait 16S rRNA gen bölgesi çoğaltımı 27F ve 1525R primerleri ile gerçekleştirilmiştir. İzolatlara ait gen dizileri 800R, MG3F ve MG5F evrensel primerleri ile otomatik dizileme cihazı kullanılarak belirlenmiştir. 16S rRNA gen bölgesi temelli filogenetik ağaçlar MEGA6 programında neighbour-joining, maximum likelihood ve maximum parsimony algorithmaları kullanılarak oluşturulmuştur. Bu çalışmada, toplamda yüz elli bir aktinomiset izolatı elde edilmiş ve bunların farklı aktinomiset gruplarına dahil oldukları belirlenmiştir. Bu izolatlardan Micromonospora cinsine ait olan yeni tür olması muhtemel 11 tanesine nümerik ve biyokimyasal testler uygulanmıştır. Yeni olduğu varsayılan Micromonospora toprak izolatlarının aktinomiset taksonomisine katkı sağlayacağı ve aynı zamanda birçok yeni türün ortaya çıkacağı düşünülmektedir
Keywords : aktinomiset, Micromonospora, 16S rRNA gen sekansı, nümerik taksonomi