Detection and molecular characterization based on coat protein gene of Cucumber mosaic virus (CMV) from cowpea production fields of Çanakkale province in Turkey

Authors : Ali KARANFİL, Savaş KORKMAZ

Pages : 293-304

Doi:10.16955/bitkorb.340046

View : 21 | Download : 7

Publication Date : 2017-09-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışma kapsamında 2015-2016 yıllarında Çanakkale ilinin börülce ve fasulye yetiştiriciliği yapılan alanlarına arazi çıkışları yapılarak virüs ve virüs benzeri belirtiler gösteren 14 fasulye, 8 börülce olmak üzere toplam 22 bitkiden örnekler alınmıştır. Toplanan örnekler Hıyar mozaik virüsü insert ignore into journalissuearticles values( Cucumber mosaic virus ; CMV); varlığını belirlemek için DAS-ELISA ile testlenmiş ve 6 örnek CMV ile enfekteli bulunmuştur. Enfekteli bulunan tüm örnekler börülce bitkisinden elde edilirken, fasulye bitkilerinde enfeksiyon tespit edilememiştir. Elde edilen CMV izolatlarının kılıf protein insert ignore into journalissuearticles values(CP); gen bölgesi, gen spesifik primerler kullanılarak çoğaltılmış ve izolatların tamamında 638 bp büyüklükte CP genine spesifik ürün elde edilmiştir. CMV izolatları arasından CWP17 tesadüfi olarak seçilerek RT-PCR ürünleri purifiye edilmiş ve kısmi baz dizisi analizi gerçekleştirilmiştir. CWP17 izolatına ait sekans verisi KY474380 erişim numarası ile gen bankasına kaydedilmiştir. Gerçekleştirilen çoklu dizi analizleri sonucunda CWP17 izolatının dünya CMV izolatları ile nükleotid düzeyinde %80-99, aminoasit düzeyinde ise %90-100 benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Oluşturulan filogenetik ağaçlar ile de CWP17 izolatının alt grup IB’de yer aldığı belirlenmiştir. Gerçekleştirilen bu çalışma ile Türkiye’de ilk defa CMV enfeksiyonu ticari börülce üretim alanlarında tespit edilmiştir. Ayrıca ülkemizde ilk kez baklagil üretim alanlarında CMV enfeksiyonunun moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. 
Keywords : DAS ELISA, RT PCR, filogenetik, sekans analizi, CP