Bamya bitkisinde Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu

Authors : Ali KARANFİL, Savaş KORKMAZ

Pages : 79-87

Doi:10.16955/bitkorb.517700

View : 11 | Download : 11

Publication Date : 2019-09-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Şalgam mozaik virüsü insert ignore into journalissuearticles values( Turnip mosaic virus , TuMV); geniş konukçu dizisine sahip olan bir virüs türü olup, gerek dünyada gerekse ülkemizde birçok sebze türünde saptanmıştır. Bununla birlikte ülkemizde Malvaceae familyasına bağlı yazlık bir sebze olan bamya bitkisinde TuMV`nin enfeksiyonuna yönelik herhangi bir çalışma yapılmamıştır. Bu amaçla 2017 yılı bamya üretim sezonunda İzmir ve Manisa illeri bamya üretim alanlarından 31 adet virüs ve virüs benzeri simptom gösteren bamya örnekleri toplanmıştır. Toplanan örnekler double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay insert ignore into journalissuearticles values(DAS-ELISA); yöntemi ile TuMV’nin varlığının belirlenmesi amacı ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda 23 örnek insert ignore into journalissuearticles values(%74.2); TuMV ile enfekteli olarak bulunmuştur. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden seçilen iki TuMV izolatının moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu kapsamda seçilen izolatların kısmi nüklear inclusion b ve kapsid protein gen bölgeleri, reverse transcriptase-polymerase chain reaction insert ignore into journalissuearticles values(RT-PCR); yöntemi ile çoğaltılmış ve daha sonra klonlanmış ve sekans dizileri elde edilmiştir. İzolatların sekans analizi sonucu elde edilen nükleotit dizileri kullanılarak dünya izolatları ile benzerlik oranları ve filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Yapılan çoklu sekans karşılaştırmaları sonucunda TuMV izolatlarının dünya izolatları ile %84-88 ve %91-94 oranında sırası ile nükleotit ve amino asit düzeyinde benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise bamya bitkisinden elde edilen TuMV izolatlarının basal-B grubunda olduğu bulunmuştur. Gerçekleştirilen bu çalışma ile ülkemiz bamya üretim alanlarında TuMV varlığı ilk kez belirlenmiştir.
Keywords : TuMV, benzerlik, NIb, CP, klonlama, filogenetik