Turunçgil Antraknoz Etmeni Colletotrichum gloeosporioides’in LAMP (Loop-Mediated İsothermal Amplification) Tekniği Kullanılarak Hızlı Tanısı

Authors : Aysun UYSAL, Şener KURT

Pages : 25-32

Doi:10.16955/bitkorb.656046

View : 12 | Download : 7

Publication Date : 2020-09-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Turunçgillerde antraknoz hastalığı sürgünlerde geriye doğru kuruma, yapraklarda leke, erken dönem yaprak ve meyve dökümleri, meyvelerde antraknoz belirtileri şeklinde ortaya çıkmaktadır. Antraknoz etmeni Colletotrichum gloeosporioides, ülkemizde özellikle limon başta olmak üzere birçok turunçgil tür ve çeşitlerinde şiddetli enfeksiyonlara yol açmaktadır. C. gloeosporioides fungal patojeninin tanısı, morfolojik, moleküler yöntemler ve proteine dayalı spektrum analizleri ile yapılabilmektedir. Bu çalışma, LAMP tekniğini kullanarak turunçgil antraknoz etmeni C.gloeosporioides’in hızlı tanısını gerçekleştirmek için yürütülmüştür. LAMP yöntemi için spesifik primerler, C. gloeosporioides türünün gen dizileri her gen bölgesine özgü primer setleri insert ignore into journalissuearticles values(F3/B3 ve FIP/BIP); ‘Primer Explorer V3’ adlı bilgisayar programı insert ignore into journalissuearticles values(http://primerexplorer.jp/e); kullanılarak tasarlanmıştır. LAMP reaksiyonunda kullanılmak üzere tasarlanan primerlerin özgüllükleri C. gloeosporioides’ in 3 farklı izolatları ile Fusarium solani’ nin Fs4 izolatı olmak üzere toplam 3 DNA örneği kullanılarak değerlendirilmiştir. PCR çalışmasında genomik DNA 1ng/µl-1, LAMP çalışmasında 10 fg/µl-1 miktarında kullanılmıştır. Sonuç olarak, Flouresan boya ile incelendiğinde, C. gloeosporioides izolatlarının bulunduğu tüplerde parlama olmuştur. Ancak, F. solani’ nin bulunduğu tüpte parlama gözlenmemiştir. LAMP analizinin C. gloeosporioides’ den elde edilen genomik DNA`yı başarıyla tespit ettiğini göstermiş, fakat F. solani’ elde edilen genomik DNA`yı tespit edememiştir. LAMP tekniği ile 2 saat süren bir analiz sonucunda elde edilen başarılı sonuçlarla kısa süre içerisinde patojenin varlığı tespit edilmiştir.
Keywords : Antraknoz, C gloesoporioides, LAMP, Teşhis