Determination and partial molecular characterization of Plum pox virus in Bolu province

Authors : Ali Ferhan MORCA, Sevgi COŞKAN, Faruk ÖNCÜ

Pages : 59-68

Doi:10.16955/bitkorb.719732

View : 16 | Download : 6

Publication Date : 2020-12-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Plum pox virus insert ignore into journalissuearticles values(PPV);, sert çekirdekli meyvelerde verim, kalite ve ekonomik kayıplara sebep olan Şarka hastalığının etmenidir. PPV, Avrupa başta olmak üzere dünya çapında tespit edilmiştir. Türkiye’de bugüne kadar yapılan çalışmalarda etmenin varlığı farklı bölgelerde sınırlı olarak tespit edilmiştir. Bolu ilinde şu ana kadar PPV’nin tespitine ilişkin herhangi bir kayıt bulunmamaktadır. Bolu ilinde 2016-2019 yılları arasında yapılan sürveyler neticesinde 306 örnek toplanmıştır. PPV’nin varlığını tespit etmek amacıyla ilk olarak DAS-ELISA ile örnekler analiz edilmiş, sadece üç adet şeftali örneğinin PPV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Enfekteli örnekler daha sonra üniversal primerler insert ignore into journalissuearticles values(P1/P2); kullanılarak RT-PCR ile test edilmiş ve DAS-ELISA sonuçları doğrulanmıştır. Ayrıca PPV’nin ırka spesifik primerleri ile ırk düzeyinde de teşhisleri yapılmıştır. Irk düzeyinde yapılan bu teşhislerde örneklerin PPV-M insert ignore into journalissuearticles values(Marcus); ırkı ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Moleküler çalışmalar sonucunda üç izolatın kısmi kılıf protein bölgesine ait 243 nükleotidlik dizileri elde edilerek NCBI’a kaydedilmiştir. Ayrıca 38 temsili PPV sekans dizisi ile yapılan filogenetik analiz insert ignore into journalissuearticles values(Neighbour-Joining); sonucunda, BLAST analizinde olduğu gibi Bolu izolatlarının PPV-M izolatları ile kümelenerek diğer PPV ırklarından ayrıldığı görülmüştür. Yapılan bu çalışma ile elde edilen PPV izolatları Bolu ili için ilk kayıt niteliğindedir. Sonuç olarak, Bolu ilinde daha kapsamlı sürveylerin yapılması ve elde edilen izolatlarının tam genom dizileri elde edilerek genetik varyasyonlarının belirlenmesinin gerekliliği ortaya çıkmıştır. Enfekteli bulunan ağaçların ise tamamı imha edilmiştir.
Keywords : PPV, şarka, şeftali, M ırkı, filogenetik ağaç, sekans