A novel capillary gel electrophoresis based fragment analysis method for the rapid detection of important thrips species on alfalfa in Turkey

Authors : Ali Ferhan MORCA, Cenk YÜCEL, Aydemir BARIŞ, Ekrem ATAKAN, Ali ÇELİK

Pages : 5-11

Doi:10.16955/bitkorb.1078737

View : 16 | Download : 6

Publication Date : 2022-09-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Thripsler, birçok endüstriyel üründe önemli verim kayıplarına neden olur. Bu zararlılar Türkiye`deki karantina organizmaları arasında yer aldığından, etmenlerin hızlı tespiti yeni alanlara yayılmalarını önlemek için önemlidir. Mitokondriyal sitokrom oksidaz I insert ignore into journalissuearticles values(COI); barkodlama geninin analizleri; moleküler yöntemlerden biri olarak thrips teşhislerinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak COI geninin fragman uzunluğu çok kısa olduğundan, PCR sonrası agaroz jel üzerinde fragman boyutlarını ayırt etmek çok zordur. Bu çalışmada, daha önce farklı araştırmacılar tarafından kullanılan primer çiftleri kullanılarak Thrips tabaci Lideman, Frankliniella occidentalis insert ignore into journalissuearticles values(Pergande); ve Frankliniella intonsa insert ignore into journalissuearticles values(Trybom); türleri için Kapiler Jel Elektroforez insert ignore into journalissuearticles values(CGE); sistemi entegre edilerek yeni bir tanımlama yöntemi geliştirilmiştir. Analiz, özellikle kısa parça uzunluklu COI geninde birbirine yakın parça uzunluklarının ayrılmasında hata payını en aza indirerek, elde edilmiş güçlü sinyaller üretir. Bu sebeple, jel elektroforezi adımı ortadan kaldırılarak, tehlikeli kimyasallara maruz kalmadan güvenilir tespitler elde edilmiştir. Yeni yöntem, tespit süresini kısaltmış ve düşük DNA konsantrasyonuna sahip tek bir thripsin saptanmasındaki işlem hatalarını da en aza indirmiştir. Kapiler jel elektroforezi tabanlı fragman analizi ile toplam 83 thrips bireyi insert ignore into journalissuearticles values(52 F. intonsa, 31 F. occidentalis); tespit edilebilmiştir. Yeni yöntem, üç farklı thrips türünün tespiti için benzersiz, spesifik ve hızlı olarak değerlendirilmektedir. Ayrıca yakın gelecekte kısa fragman boyutlarına sahip farklı thrips türlerinin tanımlanmasında da kullanılabileceği düşünülmektedir.
Keywords : Frankliniella intonsa, Frankliniella occidentalis, Mitokondriyal sitokrom oksidaz I, Multipleks polimeraz zincir reaksiyonu, Thysanoptera