Protein – Protein Etkileşimi Tespit Yöntemleri, Veri Tabanları ve Veri Güvenilirliği

Authors : Volkan ALTUNTAŞ, Murat GÖK

Pages : 722-733

Doi:10.31590/ejosat.724390

View : 29 | Download : 15

Publication Date : 2020-08-31

Article Type : Review Paper

Abstract :Önemli biyolojik aktiviteler tek bir molekülün sonucu değil, birbirleriyle etkileşime giren çoklu moleküllerin etkilerinin ürünü olarak ortaya çıkmaktadır. Protein-protein etkileşimlerinin belirlenmesi, ilgili proteinlere ait fonksiyonların tespit edilmesi için önemli bilgi sağlamaktadır. Genlerin ve proteinlerin büyük bir çoğunluğu işlevlerini birbirleriyle etkileşimleri sonucunda oluşturmaktadırlar. Protein-protein etkileşimlerini incelemek için çok sayıda yöntem geliştirilmiştir. Etkileşimlerin tespitinde in vitro, in vivo ve in siliko olarak adlandırılan 3 temel yaklaşım bulunmaktadır. In vitro ve in vivo yöntemlerin maliyet, zaman gibi sınırlamaları bulunur. İn siliko yöntemler deneysel yönlendirme ile maliyet ve zaman kazancı için geliştirilmiştir. Yöntemler sonucunda oluşan veri setleri gürültülüdür, çok sayıda yanlış pozitif ve yanlış negatif değerler içermektedirler. Protein etkileşim tespit yöntemlerindeki gelişmeler hastalıkların tespit edilmesi, model organizmalara ait yolakların ve protein komplekslerinin belirlenmesi gibi birçok alana doğrudan etki etmektedir. Yapılan çalışmalar sonucunda tespit edilen etkileşimler veri tabanlarında saklanmakta ve ücretsiz olarak erişilebilmektedir. Metotların hızlanması ile tespit edilen etkileşim sayısındaki artış, elde edilen bu verilerin analiz edilmesini, bir veya birden fazla metot ile sağlanmasını ve doğruluğunun belirlenmesini önemli hale getirmektedir. Bu çalışmada protein-protein etkileşim tespitinde kullanılan in vitro, in vivo ve in siliko yöntemler ve protein-protein etkileşim veri tabanları incelenmektedir. Tespit yöntemlerinin artıları ve eksileri araştırılmış ve yöntemlerin avantaj ve dezavantajları paylaşılmıştır. Veri tabanlarının içerdiği bilgiler karşılaştırılmış, benzerlik oranları ve sebepleri araştırılmıştır.
Keywords : Protein, Protein protein etkileşimi, PPI tespit yöntemleri, PPI veri tabanları