Bioinformatics and 3D homology modelling of AsAlaDH from Amycolatopsis sulphurea

Authors : Fatih AKTAŞ

Pages : 829-835

Doi:10.31590/ejosat.971416

View : 24 | Download : 13

Publication Date : 2021-08-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Alanin dehidrogenaz (AlaDH) (E.C.1.4.1.1), piruvat ve alaninin birbirine dönüşümünü katalize eden bir enzimdir. Bu enzim, mikroorganizmanın sporlanması ve mikroorganizmalardaki birçok amino asit, protein ve peptidoglikan tabakasının sentezi için anahtar katalitik role sahiptir. Amycolatopsis sulphurea, Pseudonocardiaceae familyası içindeki Amycolatopsis cinsinin suşlarından biri olup, Ristosetin, Vankomisin ve Epoksiquinomisin gibi farklı antibiyotikler üretmenin yanı sıra biyoplastik (poli-laktik asit (PLA) filmlerini biyolojik olarak parçalama yeteneğine sahiptir). Amycolatopsis sulphurea'dan Alanin dehidrogenazın 3D homoloji modeli I-TASSER aracılığıyla gerçekleştirildi. L-alanin ile enzimin aktif bölge amino asitlerinin etkileşimi, AutoDock Vina programı ile in silico kenetlenerek belirlendi. Protein ikincil yapıları EMBOSS tool garnier ile tahmin edildi. AsAlaDH'nin yapısal ve fonksiyonel analizleri ve fiziko-kimyasal özelliklerinin belirlenmesi farklı biyoinformatik araçlar kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Alanin dehidrogenazın ikincil yapısı ve çoklu hizalama analizi, AlaDH'lerin farklı mikroorganizmalardan korunmuş amino asit kalıntıları olduğunu göstermiştir.
Keywords : Alanine dehidrogenaz, Amycolatopsis sulphurea, 3D homoloji modelleme, biyokatalist