In silico Analysis of Ribosome-Inactivating Protein (Tritin) from Common Wheat Plants (Triticum aestivum L.)

Authors : Serap DEMİREL, Mustafa USTA, Abdullah GÜLLER

Pages : 79-87

Doi:10.31590/ejosat.1021686

View : 28 | Download : 13

Publication Date : 2022-01-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Ribozom inaktive eden proteinler (RIP’ler) ribozomal RNA’da spesifik bir adeninin depürünasyonundan sonra protein sentezini baskılyan enzimlerdir. Tritin RIP ailesinden RNA-N glikosidaz domainine sahip tip I RIP’lerden biridir. Mevcut çalışmada Kutluk-94 buğday çeşidinin yapraklarından tritini kodlayan cDNA izole edildi ve pGEM-T Easy vektöre klonlandı. Recombinant plazmid sekanslandı. Farklı biyoinformatik araçlar tritin proteininin özelliklerinin değerlendirilmesi için kullanıldı. Bazı monokotil bitkilerde toplamda 38 tritin benzeri sekans tespit edildi. Sonuçlar tritin proteininin diğer RIP’lerde bulunan RNA N-glikozidaz aktivitesi ile ilişkili korunmuş domaine (Ricin-A) sahip olduğunu ortaya koydu. Çoklu sekans hizalamaya analizi tritinin RNA N-glikozidaz aktivitesinde hayati rol oynayan korunmuş amino asitlere sahip olduğunu göstermiştir. Bizim çalışmamızda in silico analizlerden elde edilen sonuçlar tritin proteinin moleküler ve yapısal özellikleri hakkında diğer araştırmacılara bilgi sağlayacaktır.
Keywords : Ribozom inaktive eden protein, tritin, cDNA