PvTLP genlerinin genom çaplı tespit ve karakterizasyonu

Authors : Ayşe Gül KASAPOĞLU, Ahmed Sidar AYGÖREN, Selman MUSLU, Burak Muhammed ÖNER, Murat ISIYEL, Esra YAPRAK, Sümeyra UÇAR, Recep AYDINYURT, Büşra UZUN, Emre İLHAN, Murat AYDIN

Pages : 676-684

Doi:10.31590/ejosat.1083519

View : 24 | Download : 10

Publication Date : 2022-03-31

Article Type : Research Paper

Abstract :TUBBY-like proteinleri (TLP) C terminal bölgede TUB domaini ve ilave olarak N terminal bölgede F-Box domaini içeren çok işlevli bir proteindir. Memelilerde nöronal gelişme ve farklılaşmada rol oynarken bitkilerde strese karşı yanıtta, sinyal iletimi ve hücre döngüsünün kontrolü gibi birçok işleve sahiptir. Bitkiler sesil organizmalar olduğu için çevresel streslerden kaçamazlar. Bu yüzden strese karşı savunma mekanizmalarını aktifleştirmektedirler. Bu savunma mekanizmalarından biri de çeşitli gen ya da gen ailelerinin ifade seviyelerinin artırılması ya da azaltılmasıdır. TLP genleri ilk olarak obez farelerde tanımlanmış olup ardından diğer ökaryotik hücrelerde de tanımlanmaya başlamıştır. Fakat Phaseolus vulgaris genomunda TUBBY-like proteinlerinin karakterizasyonu henüz yapılmamıştır. Bu çalışmanın amacı P. vulgaris genomundaki TLP genlerini tespit ve karakterize ederek çeşitli biyoinformatik araçlarla genom bazında analizini gerçekleştirmektir. P. vulgaris genomunda 10 adet TLP geni belirlenmiştir. PvTLP7 geni hariç diğer PvTLP genleri F-Box domaini içermekte ve tüm PvTLP genleri TUB domainini barındırmaktadır. PvTLP proteinlerinin amino asit sayıları 360-431, moleküler ağırlıkları 40,46-48,12 kDa ve teorik izoelektrik noktası 9,09-9,71 arasında olup PvTLP proteinleri bazik özellik göstermektedir. Arabidopsis thaliana, Glycine max ve P. vulgaris TLP genleri arasındaki filogentik ilişkiler tespit edilmiş olup 3 ana gruba ayrıldığı bulunmuştur. Kuraklık ve tuz stresi altındaki PvTLP genlerinin ifade seviyeleri in siliko olarak incelenmiş olup PvTLP1 ve PvTLP7 genlerinin ifade seviyelerinde farklılıklar gözlemlenmiştir. Bu çalışmadan elde edilen bilgiler ışığında TLP genlerinin fasulyedeki işlevi aydınlatılarak gelecekte yapılacak olan fonksiyonel çalışmalara zemin oluşturacaktır.
Keywords : TUBBY, F Box, karakterizasyon, filogenetik, sinteni