Genome-wide identification and annotation of microsatellite markers in white truffle (Tuber magnatum)

Authors : Ayşe Özgür UNCU, Ali Tevfik UNCU

Pages : 31-34

Doi:10.29136/mediterranean.487250

View : 20 | Download : 10

Publication Date : 2019-04-01

Article Type : Research Paper

Abstract :Ektomikoriza mantarı Tuber magnatum Pico, en yüksek ekonomik değere sahip trüf mantarı türüdür. Trüf mantarlarının talep gören aroma özellikleri ve yüksek fiyatlar ile pazarlanmaları bu mantar türlerini önemli bir araştırma konusu haline getirmekte, trüf mantarı aroma bileşenleri, bu mantarların üreme mekanizmaları, trüf mantarı genomlarının karakterizasyonu, ve genetik çeşitlilik ve popülasyon yapılarının belirlenmesi konularında çalışmalar gerçekleştirilmektedir. Trüf mantarları önceden doğal ormanlık arazilerden toplanır iken, 1970’lerde fidan inokülasyon protokollerinin geliştirilmesi ile trüf mantarı yetiştiriciliği sistematik bir tarımsal aktivite haline gelmiştir. Ancak en değerli trüf mantarı olan T. magnatum ile fidan inokülasyonu, mikorizanın DNA-temelli protokoller olmaksızın yalnızca morfolojik yöntemler ile tanımlanmasındaki sorunlardan ötürü yakın zamanda uygulamaya geçirilebilmiştir. Bu çalışma kapsamında T. magnatum genomuna özel mikrosatelit markörleri geliştirilmiş ve fonksiyonel anotasyonları gerçekleştirilmiştir. Çalışma dahilinde biyoinformatik analiz yöntemleri kullanılarak T. magnatum genom sekansında mikrosatelit dizileri belirlenmiş, diziler PCR markörlerine çevrilmiş, markörler genom sekansında haritalanarak alel büyüklükleri hesaplanmıştır. Çalışma sonucunda T.magnatum türüne özel   11 189 yeni mikrosatelit markörü geliştirilmiştir. Anotasyon analizleri gerçekleştirilerek T. magnatum proteinleri ile eşleşen, bu sebeple fonksiyonel genomik çalışmaları için özellikle elverişli 3377 adet markör tanımlanmıştır. Çalışma sonucunda sunulan T. magnatum ’a özel DNA markörü koleksiyonu bu değerli trüf mantarı türü için önemli bir genomik araç kaynağı oluşturmaktadır.
Keywords : Moleküler markörler, SSR markörleri, Trüf mantarı