Yeni Tasarlanan ve Daha Önceden Çalışılmış Bazı Anti-HIV İntegraz Ligandlarının Autodock Vina ile HIV-1 İntegraz Enzimi Katalitik Öz Bölgesine Yerleştirilmesi ve Analizleri

Authors : Selami ERCAN

Pages : 247-269

View : 18 | Download : 8

Publication Date : 2016-04-01

Article Type : Other Papers

Abstract :Kazanılmış İmmün Yetmezlik Sendromu (AIDS) modern dünyanın en önemli hastalıklarından biridir. Bu hastalığa insan immün yetmezlik virüsü (HIV) neden olmaktadır. HIV-1 integraz enzimi diğer çalışılan enzimler proteaz ve ters transkriptaza göre daha geç ilgi görmüştür. Geliştirilen ilaçlara sürekli direnç oluşması yeni ilaç adaylarının bulunmasını zorunlu kılmaktadır. Bu çalışmada HIV-1 integraz enziminin katalitik öz bölgesinin bir modeli hazırlanarak moleküler dinamik simülasyonuyla davranışları incelendi. Bu model hedef alınarak, yeni geliştirilen 6 ligandın yanı sıra, bilinen ancak HIV-1 integraz inhibitör adayı olarak ilk defa kullanılan 4 ligand ve daha önce teorik ve/veya uygulamalı olarak çalışılan 32 ligand yerleştirildi. Yerleştirilen ligandların proteinle etkileşimleri incelendi. Yeni geliştirilen ligandlardan LGA, LGD ve LGE’nin ortalamanın üzerinde bir yerleştirme skoruna sahip olduğu görüldü.
Keywords : İntegraz, Anti HIV ilaç tasarımı, Ligand yerleştirme, Moleküler Dinamik Simülasyonu