Protein Verilerinin Ayrık Dalgacık Dönüşümü İle Analizi

Authors : Çağın KANDEMİR ÇAVAŞ

Pages : 20-29

Doi:10.55117/bufbd.1192229

View : 38 | Download : 50

Publication Date : 2023-06-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Biyolojik veri tabanları, genomik ve proteomik çalışmalar nedeniyle büyük miktarda veri içermektedir. Verilerin analizi, organizmadaki metabolik bozuklukların anlaşılmasına ve ilaç keşif çalışmalarının artırılmasına büyük katkı sağlamaktadır. Zaman ve maliyet tasarrufu nedeniyle makine öğrenmesi ve veri analizi yöntemleri bu amaçla sıkça kullanılmaktadır. Yöntemlerin etkinliği, uygun parametre seçimine ve protein dizilerinin kodlanış tipine de bağlıdır. Bu amaçla amino asitlere ait fizikokimyasal özelliklerin dâhil edilmesi kullanılan algoritmanın performansını arttırmaktadır. Filogenetik analiz, türler arasındaki ilişkiyi görselleştirmek için kullanılan en iyi yöntemlerden biridir. Çalışmada, dijital sinyal analizinde kullanılan dalgacık dönüşümü yönteminin, protein dizilerine uyarlanması tasarlanmıştır. Dalgacık dönüşümü kullanılarak 15 türe ait SOD1 protein dizileri arasındaki genetik yakınlık Ağırlıklı Çift Grup Aritmetik Ortalamalar Yöntemi insert ignore into journalissuearticles values(WPGMA); yöntemiyle belirlenmiştir. Ayrıca, proteinler arası genetik uzaklıkları temel alan Jukes-Cantor insert ignore into journalissuearticles values(JC); uzaklığı kullanılarak elde edilen filogenetik ağaç ile elde edilen sonuçlar karşılaştırılmış, dalgacık analizi yönteminin türlere ait moleküler boyuttaki ilişkinin ortaya koyulmasında etkinliği ortaya çıkartılmıştır. Türlere ait filogenetik ağaç oluşturma süreleri Dalgacık dönüşümü ile 2.0711178 sn., Jukes-Cantor ile 2.20329 sn. olarak elde edilmiştir. Böylelikle, dalgacık dönüşümü kullanarak tanımlanan filogenetik ağaç oluşturma işlem süresinin mevcut JC yöntemine göre daha kısa olmasının büyük veri analizlerinde avantaj sağlaması beklenmektedir.
Keywords : Dalgacık Dönüşümü, Protein Dizileri, Filogenetik, Sınıflandırma