Organization of Variation Based Personal Genetic Data with Relational Database

Authors : Onur ÇAKIRGÖZ, Süleyman SEVİNÇ

Pages : 295-307

View : 17 | Download : 11

Publication Date : 2018-07-31

Article Type : Research Paper

Abstract :İlişkisel veritabanları halihazırda birçok hastanede ve klinikte hasta kayıtlarını ve tahlil sonuçlarını depolamak için etkin bir şekilde kullanılmaya devam etmektedir. Sekanslama teknolojilerinin gelişmesiyle birlikte sekanslama maliyetleri önemli bir ölçüde düşmüştür. Bunun yanında, kişiselleştirilmiş tıp uygulamalarının sayısı her geçen gün artmaktadır ve buna bağlı olarak depolanması ve sorgulanması gereken kişisel genetik verilerin boyutu da yükselmektedir. Her ne kadar ilişkisel veritabanları hasta kayıtlarını ve tahlil sonuçlarını depolamak için uygun olsa da kişisel genetik verilerin verimli bir şekilde depolanması için ek tasarımlara ve çözümlere ihtiyaç vardır. Bu çalışmada, varyasyon bazlı kişisel genetik verilerin ilişkisel veritabanına entegrasyonu için yeni bir çözüm önerilmektedir. Bu çözüm kapsamında, hem yapısal olmayan hem de yapısal varyasyon tipleri için formatlar geliştirilmiştir ve sıkıştırma algoritmaları kullanılmıştır. Önerilen yöntem 1000 Genom Projesi’nin yayınlamış olduğu 2504 kişiye ait gerçek veriler ile test edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda, önerilen yöntemin ham sekans verisini saklamak için gereken alana kıyasla çok daha az bir alana ihtiyaç duyduğu görülmüştür.
Keywords : ilişkisel veritabanı, veri formatı, genetik veri, varyasyon