Providencia stuartii moleküler tiplemesi için pulsed-field jel elektroforezinin optimizasyonu

Authors : Alper KARAGÖZ, Dilek GÜLDEMİR, Rıza DURMAZ

Pages : 436-440

Doi:10.5798/diclemedj.0921.2013.03.0305

View : 17 | Download : 9

Publication Date : 2013-09-01

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Bu çalışmada; Türkiye Halk Sağlığı Kurumuna bağlı Moleküler Mikrobiyoloji Araştırma ve Uygulama Laboratuvarında Providencia stuartii\'nin tiplemesinde kullanılmak üzere optimize edilmiş bir “pulsed-field jel elektroforezi” (PFGE) protokolü sunulmuştur. Yöntemler: Gram-negatif bakterilere ait daha önceki PFGE protokolleri ile kıyaslandığında; SpeI enziminin bu bakteri için uygun olduğu ve elektroforez koşullarının; 1. blok için başlangıç vuruş süresi 5 sn, bitiş vuruş süresi 40 sn, vuruş açısı 120°, akım 6 V/cm2, sıcaklık 14°C, süre 19 saat; 2. blok için başlangıç vuruş süresi 35 sn, bitiş vuruş süresi 45 sn, vuruş açısı 120°, akım 6 V/cm2, sıcaklık 14°C, süre 5 saat; TBE tamponu pH=8.4 şeklinde olması gerektiği ortaya konmuştur. Filogenetik analizler Bionumerics yazılım sistemi (version 6.01; Applied Maths, Sint-Martens-latem, Belgium) ile değerlendirilmiştir. Bulgular ve sonuç: Optimize edilen yöntem basit, tekrarlanabilir ve P. stuartii için kullanıma uygun bulunmuştur. Çalışılan bakterilere bağlı salgınları değerlendirme ve hastane enfeksiyonlarının yaygınlık derecesi hakkında yararlı bilgiler sunma potansiyeli vardır. Optimize edilen bu protokol, farklı merkezlere ait PFGE sonuçlarının birbirleriyle karşılaştırılmasına da olanak sağlayabilir.
Keywords : Providencia stuartii, moleküler tipleme, pulsed field jel elektroforezi