HLA PROTEİNLERİNİN GNM METODU İLE DİNAMİK KARAKTERİZASYONU

Authors : Onur SERÇİNOĞLU, Pemra ÖZBEK

Pages : 376-399

View : 13 | Download : 12

Publication Date : 2018-05-01

Article Type : Research Paper

Abstract :Biyolojik sistemler, birbirleri ile sürekli bilgi alışverişinde bulunan ağyapılar, biyolojik moleküller de bu yapının temel noktaları olarak tanımlanabilirler. Yaşamsal süreklilik açısından sistemin herhangi bir noktasında oluşacak bir sinyalin, hücreler arasında, hücre içinde veya hücre dışından hücre içine iletilmesi büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada, sistematik bir çerçevede HLA (İnsan Lökosit Antijenleri-Human Leukocyte Antigen) molekülleri üzerinde çalışılmıştır. HLAlar hücrelere yapışan yabancı proteinleri tanıyarak kendinden olan ve olmayanı ayırmakta kullanılır, bağışıklık sisteminin temelini oluştururlar. Çalışma kapsamında hesapsal bir yöntem olan Gaussian Ağ yapı modeli uygulanarak HLA sınıf 1 grubuna mensup yapıların yüksek frekanslarda öne çıkan bölgeleri tespit edilmiştir. Tüm moleküllerde hızlı modlarda aynı rezidülerin ön plana çıktığı görülmekte olup bu rezidülerin arasında bir iletişim patikası olduğu düşünülmektedir
Keywords : Protein dinamiği, Gaussian ağ yapı modeli, HLA, Hızlı modlar