Pediatrik Obezite ile İlişkili Anahtar Genlerin ve Yolakların Tanımlanması

Authors : Aynur KARADAĞ, Selçuk GÜREL

Pages : 51-57

Doi:10.33713/egetbd.1156405

View : 22 | Download : 14

Publication Date : 2022-08-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Bu çalışmada, pediatrik obezite ile ilişkili olası moleküler mekanizmaları araştırmak için obezite tanısı konmuş çocuklarda, obezitede rol oynayan potansiyel anahtar genleri ve yolakları belirlemek için biyoinformatik analiz yapılmıştır. Gereç ve Yöntem: Biyoinformatik analiz için GEO veri tabanından pediatrik obezite verilerine ait GSE9624 ve GSE139400 erişim numarasına sahip ekspresyon verileri seçilmiştir. GSE9624 veri seti 14 obez ve 13 obez olmayan çocuktan, GSE139400 veri seti ise 5 Obez ve 5 normal kilolu çocuklardan alınan adipoz doku ve kan örnekleri örnekler ile çalışılmıştır. Obez çocuklardan alınan örneklerle normal kilolu çocuklardan alınan örnekler farklı şekilde ifade edilen genleri (DEG) bulmak için GEO2R ile analiz edildi. DEG’ler için GO ve KEGG zenginleştirme analizleri gerçekleştirilmiştir. Cytoscape yazılımıyla bir protein-protein etkileşimi (PPI) ağı oluşturuldu ve obezite ile ilişkili önemli genler belirlendi. Bulgular: GEO2R ile analiz sonucunda p değeri <0.05 ve log2FC≥0 veya ≤0 olan DEG'ler seçildi. GSE9624 veri setinde obezite grubunda kontrol grubuna göre 1933 genin ifadesi artarken 1462 genin ifadesi azalmıştır. GSE139400 veri setinde ise obezite grubunda kontrol grubuna göre 725 genin ifadesi artarken 1372 genin ifadesi azalmıştır. Her iki veri setinde ortak olarak ifadesi artan 89, ifadesi azalan 161 DEG tanımlanmıştır. İfadesi değişen genlerin lipit ve ateroskleroz, Doğal öldürücü hücre aracılı sitotoksisite, mTOR sinyal yolağı ve paratiroid hormon sentezi, salgılanması ve etkisi yolaklarında toplandığı görülmüştür. Ayrıca, ALB, RHOA, KRAS, CREB1, GNAQ, GATA3, CXCR3, EZR, SERPINA1, GNAO1 genleri en önemli genler arasında çıkmıştır. Sonuç: Bu çalışmanın sonuçları, ortaya çıkan yolak ve genlerin pediatrik obezitede önemli bir rolü olabileceğini göstermiştir
Keywords : gen ifadesi, bioinformatik analiz, GEO, pediatrik obezite