ASSESSING THE DIVERSITY OF PROKARYOTIC COMMUNITIES AND NANOHALOARCHAEAL LINEAGES IN VARIOUS AQUATIC HYPERSALINE HABITATS (TURKEY) USING HIGH-THROUGHPUT SEQUENCING AND CLONING

Authors : Seval ÇINAR, Mehmet Burçin MUTLU

Pages : 57-68

Doi:10.18036/estubtdc.777824

View : 16 | Download : 11

Publication Date : 2021-01-25

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmada, 16S rRNA geni hedefli yaklaşımlar kullanılarak prokaryotik grupların Tuz Gölü, Ayvalık ve Tuzlagözü güneş tuzlalarındaki dağılımı araştırılmıştır. Numunelerdeki prokaryotik taksonların nispi bolluğu, yüksek-verimli dizileme kullanılarak saptanmıştır. Haloquadratum ile ilişkili operasyonel taksonomik birimler (OTU'lar) MiSeq okumalarında en bol saptananlardı. Nanohaloarchaeota-ilişkili OTU’lar Ayvalık ve Tuzlagözü güneş tuzlalarında nadirdi (<%1), ve Tuz Gölü'nde yaklaşık %5 idi. Örneklerde sıklıkla bulunan ve paylaşılan diğer OTU'lar Halorubrum, Halonotius ve Salinibacter cinsleri ile ilişkiliydi. Filotipleri çeşitli hipersalin ortamlarda sıklıkla tespit edilen Nanohaloarchaeota soyları, gruba özgü primer kullanılarak 16S rRNA gen klonlama ile daha ayrıntılı olarak incelenmiştir. Klon kütüphanelerinde yüksek oranda temsil edilen nanohaloarkeal filotiplerden bazıları, veri tabanındaki dizilere düşük benzerlik göstererek iki farklı dal oluşturmuştur. Ayvalık örneğinden oluşturulan klon kütüphanesinde yeni soylardan birinin öne çıktığı saptanmıştır. Ca. Nanopetramus'a % 95-97 dizi benzerliği gösteren filotipler de Ayvalık’ta yüksek oranda temsil edilmiştir. Tuz Gölü ve Tuzlagözü numunelerinin klon kütüphanelerinde sıklıkla saptanan filotipler, Ca. Nanosalina ve akrabalarının yanı sıra yeni bir soy ile ilişkilendirilmiştir.
Keywords : Nanohaloarchaeota, Yüksek Verimli Dizileme, Klonlama, Halofiller