Genetic analysis of Canine adenovirus type 2 strains circulating in Turkey from past to present

Authors : Fahriye SARAÇ, Veli GÜLYAZ, Mustafa HASÖKSÜZ, Serdar UZAR, İrem GÜLAÇTI, Esra SATIR, Pelin TUNCERGÖKTUNA, Eray ATIL

Pages : 111-117

Doi:10.35864/evmd.1002786

View : 22 | Download : 10

Publication Date : 2021-12-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Canine adenoviruslar (CAV) hem evcil hem de vahşi yaşamda köpek ve tilkilerde enfeksiyona neden olabilmektedir. Canine Adenovirus Tip-1 (CAV-1) infectious canine hepatitis (ICH) enfeksiyonuna ve Canine Adenovirus Tip-2 (CAV-2) infectious canine laryngotracheitis enfeksiyonuna neden olmaktadır. Virusun epidemiyolojisi çoğu bölgede yeterince net değildir. Bu amaçla Türkiye'de on yıllık süre zarfında dolaşımda olan suşlar moleküler düzeyde incelendi ve genetik bir heterojenlik olduğu görüldü. Bu incelemeyi yapabilmek için 2011 yılında ishalli barınak köpeklerinden toplanan 32 adet dışkı örneği kullanıldı. İlk olarak, MDCK hücre hattında virus izolasyonu yapıldı ve 4/32 örnekte sitopatojenik etkiler (CPE) gözlendi. İkinci olarak, CPE pozitif dört izolat CAV-2'nin E3 geni yönünden PCR ile pozitif bulundu. Sekans işlemi sonucu elde edilen diziler filogenetik ağaçta aynı alt grup altındaki diğer Türk izolatlarından farklı bir dal üzerine yerleşti. Kısmi E3 gen analizine göre, suşlar arasında yedi amino asitte değişim tespit edildi. Shannon entropi değeri ve ConSurf analizine göre tüm amino asit değişikliklerinin önemli antijenik bölgelerde meydana geldiği belirlendi. Bu çalışma, Türkiye CAV-2 suşları arasındaki olası genetik heterojeniteye dikkat çekmektedir.
Keywords : Canine adenovirus tip 2, moleküler karakterizasyon, virus izolasyonu